基因组 - ResBang生信交流网 - 第2页

基因组学的目的是对一个生物体所有基因进行集体表征和量化，并研究它们之间的相互关系及对生物体的影响。其中包括基因组测序和分析，通过使用高通量DNA测序和生物信息学来组装和分析整个基因组的功能和结构。

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vcftools高级用法技巧合辑

本合辑介绍了vcftools的高级用法技巧，包括VCF文件格式、vcftools软件安装、基因型提取、指定区域的变异信息提取、对VCF文件进行划窗处理、保留和去除VCF中指定样本、计算VCF文件的SNP缺失率以及在重测序中的应用过滤实例。通过这些方法，您可以更好地进行生物信息学数据处理和分析。

生信与基因组学 2024-7-6 1181 0 1 0 [1人赞] 基因组
bcftools提取和注释VCF文件关键信息

通过bcftools工具提取和注释VCF文件中的关键信息，包括变异信息的描述性统计、压缩转换、基因型提取等操作，同时还可以使用数据库进行注释，如dbSNP和1000G数据库。

生信与基因组学 2024-7-6 750 0 1 0 [1人赞] 基因组
基于sambamba 窗口reads计数和平均覆盖度统计

学习如何使用sambamba工具进行窗口reads计数和平均覆盖度统计，了解如何通过conda安装sambamba工具，并使用Python封装程序对bam文件进行处理。

生信与基因组学 2024-7-6 277 0 0 0 基因组
基于ACMG指南进行CNV的注释-ClassifyCNV

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生信与基因组学 2024-7-6 248 0 0 0 基因组
bcftools查找指定区域的变异位点信息

使用bcftools工具可以查找指定区域的变异位点信息，通过设定过滤参数可以精确筛选出所需的变异信息。conda安装和具体操作步骤均可帮助用户快速获取想要的结果。

生信与基因组学 2024-7-6 193 0 0 0 基因组
速度是conda的10倍以上，mamba的4倍，Pixi是何方神圣呢？真有这么快吗？

Pixi速度比较 Pixi安装教程 Pixi与conda mamba比较 Pixi官方网址

通过对Pixi的速度进行比较，安装教程详解以及与conda、mamba的比较，了解Pixi在软件安装中的性能表现和优势。获取Pixi官方网址和详细说明。

小杜的生信笔记 2024-7-4 233 1 0 0 基因组
一个染色体组级别的基因组注释全流程代码分享

基因组注释基因组组装

本文分享了一个染色体级别的基因组注释全流程代码，教程来源于车前草的基因组组装，提供了对应组装代码，对于初学者是一个不错的参考资源。若需要获取对应的代码和数据，请在后台回复：20240703。

小杜的生信笔记 2024-7-3 312 0 1 0 基因组
比较基因组学分析的多功能分析套件JCVI

JCVI 安装使用共线性分析微共线性分析

JCVI是一个多功能分析套件，可用于进行比较基因组学分析。通过安装conda install jcvi last，用户可以使用该工具进行各种操作，如将gff转成bed格式、去重复、共线性分析等。宏观共线性分析需要准备seqids和layout文件，并通过绘图工具展示共线性关系。微共线性分析则主要集中在基因水平，用户可以计算基因水平匹配的布局并绘制基因组复制产生的区域。

实验室牛马 2024-6-29 369 0 0 0 基因组
hdWGCNA | 单细胞(scRNA)和空间转录组共表达网络分析

hdWGCNA 单细胞RNA-seq 空间转录组学

hdWGCNA是用于单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析的工具。了解hdWGCNA包及其使用方法，可以访问https://smorabit.github.io/hdWGCNA/articles/basic_tutorial.html。同时，本文提供了下载所需数据的方法，以便读者能够更好地理解文章内容。

小杜的生信笔记 2024-6-27 442 0 0 0 基因组
Mummer 用法简析

Mummer DNA序列联配相似度重排

Mummer是一款用于比较DNA序列相似性的工具，包括nucmer、promer和run-mummer1等工作流程。它能够帮助找到高度相似的DNA序列，找到它们的不同，适合找SNP或者纠错。在实际应用中，可以使用nucmer进行比较，并使用delta-filter和show-coords进行结果过滤和显示，以及mummerplot绘制共线性图谱。

数据科学工厂 2024-6-24 337 0 0 0 基因组
生信教程：多序列比对

[md]## 摘要所有系统发育推断方法都需要同源数据集作为输入。因此，当核苷酸序列用于系统发育分析时，第一步通常是推断不同类群序列中的哪些核苷酸彼此同源，以便这些核苷酸之间的差异仅源于序列进化中发生的变化 ...

数据科学工厂 2024-6-21 257 0 0 0 基因组
生信分析｜基因组倍型鉴定

生信分析基因组倍型基因组结构流式细胞仪核磁共振

了解基因组倍型鉴定方法和意义的生物学领域研究技术，包括细胞观察、流式细胞仪、核磁共振、PCR、基因组测序以及smudgeplot等工具。掌握这些技术可以帮助研究人员推断基因组的倍型，并在生态、农业等领域中提供重要参考。

数据科学工厂 2024-6-20 226 0 0 0 基因组
泛基因组比对教程

Heliconius 比对 seq-seq-pan optix 基因组

本教程介绍了如何使用泛基因组比对以及 seq-seq-pan aligner 对两个 Heliconius 蝴蝶物种的染色体进行比对，包括 optix 基因。教程中涉及了输入数据准备和前期准备工作，以及可视化比对结果。同时也介绍了相关的基因模型搜索和导出、seq-seq-pan aligner 的使用方法，并提供了示例图片以便更好地理解整个过程。

数据科学工厂 2024-6-20 221 0 0 0 基因组
基因组组装：Hifiasm 使用教程

Hifiasm 基因组组装单倍型解析 de novo 组装 HiFi reads

欢迎使用Hifiasm进行基因组组装，该软件支持快速的单倍型解析和de novo组装，适用于处理HiFi、超长和Hi-C reads。通过简单的安装步骤，您可以轻松完成端粒到端粒的组装，包括利用ONT reads、Hi-C reads以及trio binning技术。生成的结果将以GFA格式呈现，包括原始单元图谱、解析单元图谱和主要连续片段图谱等。欢迎体验Hifiasm带来的高效、准确的基因组组装过程。

数据科学工厂 2024-6-19 14232 0 0 0 基因组
3D-DNA使用大全

3D-DNA 基因组组装 HiC测序 Juicer

学习如何利用3D-DNA进行基因组组装，使用HiC测序数据进行染色体级别的挂载。了解Juicer的使用以及3D-DNA的安装和实战操作步骤。

数据科学工厂 2024-6-8 497 0 0 0 [1人赞] 基因组
如何安装R包

安装R包 R包安装问题

本文介绍了在安装R包过程中可能遇到的问题以及解决方法，针对常见的编译器和库文件缺失情况进行了详细说明，帮助读者更好地解决R包安装问题。

数据科学工厂 2024-6-8 387 0 0 0 基因组
Juicer: 辅助基因组组装

Juicer HiC data genome assembly DNA sequencing

Learn how to use Juicer software for analyzing Hi-C data and assembling genomes by mapping chromosomes in the first step. Follow the installation instructions for Juicer on different operating systems and set up the necessary environment. Then, dive into

数据科学工厂 2024-6-8 723 0 0 0 基因组
minimap2+svim-asm+SURVIVOR流程基于基因组组装做结构变异检测

minimap2 svim-asm SURVIVOR 结构变异检测 TE多态性

利用minimap2、svim-asm和SURVIVOR流程进行基因组组装的结构变异检测，代码参考GraffiTE，主要用于TE的基因型分型和研究TE的多态性。使用拟南芥数据集进行测试，并结合samtools进行比对和结构变异检测，最后合并vcf文件。欢迎关注公众号“小明的数据分析笔记本”，分享数据分析、生物信息学等内容。

小明的数据分析笔记本 2024-6-3 542 0 0 0 基因组
利用Arlequin软件计算AMOVA等（一）-使用mega进行序列比对和进化树绘制

学习如何使用Arlequin软件进行序列比对和进化树绘制，通过mega进行多序列比对和分析，进化树结果详细展示。

Bioleader 2024-5-9 450 0 0 0 基因组
利用Arlequin软件计算AMOVA等（二）-DNAsp软件和Arlequin软件教程

本教程介绍了如何使用DNAsp软件和Arlequin软件进行AMOVA等计算。包括了打开、定义序列集、设置分组、生成haplotype数据文件、打开Arlequin软件、定义组、进行分析等详细步骤。适用于需要进行分子生物学数据分析的研究人员。

Bioleader 2024-5-9 995 0 1 0 [2人赞] 基因组

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