微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（一）

WF君

数据导入

# 加载包
library(phyloseq)
library(Biostrings)
library(tidyverse)

.将特征表、分组文件、注释信息导入R中，其中特征表和注释信息需要转换为matrix格式：

asvtab <- read.delim("./asvtab.txt", row.names=1) %>%
  as.matrix()
metadata <- read.delim("./metadata.txt", row.names=1)
taxonomy <- read.delim("./taxonomy.txt", row.names=1) %>%
  as.matrix()

使用biostrings包导入fasta格式的代表性序列文件：

dna_sequences <- readDNAStringSet("ASV.fa")

使用ape包导入树文件，树文件可以是.tree文件或.nexus文件。

制作phyloseq文件：

OTU = otu_table(asvtab, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxonomy)
MET = sample_data(metadata)
SEQ = refseq(dna_sequences)
physeq = phyloseq(OTU, TAX, MET, SEQ)

保存phyloseq文件：

saveRDS(physeq, file = "./physeq_data.rds")

下次再使用这套数据使用readRDS读取即可：

physeq2 <- readRDS(file = "./physeq_data.rds")

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admin

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冯玉洲

admin 发表于 2024-5-18 13:54
1111111

请问，能不能看一下示例数据，"ASV.fa"这个文件是咋来的