转录组 - ResBang生信交流网

转录组学是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。

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RNA-seq 差异分析的点点滴滴（3）

RNA-seq 差异分析 DESeq2 转录组分析

本文介绍了RNA-seq数据的差异分析，重点讨论了在使用DESeq2进行转录组分析时可能遇到的问题和解决方法。详细说明了如何使用SummarizedExperiment对象作为输入数据，并展示了导入数据集和分析操作的步骤。

数据科学工厂昨天 21:07 7 0 0 0 转录组
RNA-seq 差异分析的点点滴滴（2）

RNA-seq DESeq2 Tximeta Bioconductor

Learn more about the latest techniques and methods for RNA-seq differential analysis using DESeq2 and Tximeta. Explore how the tximeta package from Bioconductor can automatically import and attach metadata to common transcriptome data. Improve your transc

数据科学工厂 2024-11-13 72 0 0 0 转录组
RNA-seq 差异分析的点点滴滴（1）

RNA-seq DESeq2 transcript abundance gene count matrix

Learn about the importance of using unnormalized count data in RNA-seq analysis with DESeq2 and how to create a DESeqDataSet object for differential analysis. Explore methods for obtaining transcript abundance data and building gene-level count matrices f

数据科学工厂 2024-11-8 64 0 0 0 转录组
FPKM和TPM的概念及计算脚本

FPKM TPM 转录组分析数据处理

了解FPKM和TPM的概念及计算脚本在转录组分析中的重要性，以实现基因表达水平的标准化比较。掌握计算步骤和优点差异，通过适当的数据准备和计算脚本实现对转录组数据的有效处理。

admin 2024-8-29 761 0 3 0 [3人赞] 转录组
R语言绘制气泡图，并在指定位置添加标识 | Nature

R语言气泡图数据处理教程

本文介绍如何使用R语言绘制气泡图，并在指定位置添加标识，同时提供了2022至2024年的教程总汇，以及相关代码示例和数据处理步骤。学习者可以通过学习教程一边学习、总结和分享数据处理和可视化方面的知识。

小杜的生信笔记 2024-8-10 497 0 2 0 [2人赞] 转录组
如何进行差异表达基因分析-基于DESeq2包

DESeq2 RNA-seq analysis bioinformatics

Learn how to perform differential gene expression analysis using DESeq2 package for RNA-seq data. Follow the step-by-step guide for installing DESeq2, preparing input files including expression matrix and grouping information, and perform analysis in R us

崔耳又又 2024-5-26 683 0 2 0 [2人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：似然比检验（13）

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数据科学工厂 2024-6-28 255 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程：时间点分析（14）

RNA-seq DESeq2 LRT Time course analysis gene expression

Explore detailed tutorial on RNA-seq time point analysis using DESeq2. Learn about using Likelihood Ratio Test (LRT) for time course analysis, capturing dynamic nature of biological processes. Understand how LRT can help in exploring significant differenc

数据科学工厂 2024-6-28 424 0 1 0 [1人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：注释（15）

RNA-seq 基因组注释数据库注释工具查询工具

本文介绍了RNA-seq基因组注释的方法，包括可用的基因组注释数据库以及不同类型的存储信息；比较和对比可用于基因组注释数据库的工具；如何应用各种R包检索基因组注释，并提供了AnnotationDbi和AnnotationHub两种查询工具的使用方法。

数据科学工厂 2024-6-28 1383 0 2 0 [3人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：可视化（12）

RNA-seq 可视化火山图热图 DE基因

本课程介绍如何为RNA-seq数据进行可视化，并且详细讲解了可视化的具体步骤和常用技巧。涵盖了火山图、热图以及DE基因的可视化，适合想要深入学习RNA-seq数据分析的人士。

数据科学工厂 2024-6-28 703 0 0 0 [1人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：假设检验和多重检验（8）

RNA-seq 假设检验多重测试校正 DESeq2 GLM

学习RNA-seq分析中假设检验的两种方法（Wald test vs. LRT）和多重测试校正的重要性，掌握使用DESeq2进行基因差异表达分析的流程和参数如size factor、dispersion estimate等。了解GLM模型拟合的过程和常用方法，为RNA-seq数据分析提供有力支持。

数据科学工厂 2024-6-28 506 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程：结果汇总与提取（11）

RNA-seq DESeq2 FDR p value

Learn how to summarize and extract results from RNA-seq data analysis using DESeq2. This tutorial covers evaluating the number of differentially expressed genes, constructing R objects from comparisons, summarizing results using the `summary()` function,

数据科学工厂 2024-6-28 315 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程：Wald test（10）

RNA-seq Wald test DESeq2 gene filtering log2FoldChange

Learn how to generate comparison results using Wald test in RNA-seq with DESeq2. Understand different levels of gene filtering and logarithmic transformation shrinkage to improve log2FoldChange accuracy.

数据科学工厂 2024-6-28 295 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程：详解DESeq2流程（9）

DESeq2教程 RNA-seq 差异表达分析生物信息学

学习DESeq2的RNA-seq详细教程，掌握差异表达分析过程中重要的步骤和概念，了解变异来源，检查size factors，并对基因水平进行离散估计。深入学习DESeq2流程，提升生物信息学分析能力。

数据科学工厂 2024-6-28 400 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

RNA-seq DESeq2 差异表达分析统计检验公式设计

学习如何使用DESeq2进行RNA-seq数据的差异表达分析，包括设计公式、统计模型建模和结果解释。了解如何利用DESeq2软件包进行差异表达基因的显著性检验，以及如何控制数据中的变异来源并优化统计模型。

数据科学工厂 2024-6-28 890 0 0 0 转录组
RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

RNA-seq tutorial PCA analysis

Learn how to perform sample quality control in RNA-seq data analysis using PCA analysis and hierarchical clustering. Understand the importance of normalization and transformation methods in RNA-seq data analysis, such as rlog transformation for exploring

数据科学工厂 2024-6-28 600 0 0 0 [1人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：count 数据探索（4）

RNA-seq count 数据教程数据特征统计模型

本文为RNA-seq count数据探索教程，介绍了数据的特征、不同数学模型比较、生物学重复设置对于鉴定样本间差异的好处等内容。讨论了计数数据的建模问题，提到了二项分布和泊松分布，同时强调了均值和方差之间的关系。

数据科学工厂 2024-6-28 746 0 0 0 [1人赞] 转录组
RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）

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数据科学工厂 2024-6-28 625 0 1 0 [1人赞] 转录组
RNA-seq（3）

RNA-seq 差异表达基因转录组分析 R语言数据分析 MOV10基因

本文介绍了如何使用RNA-seq技术进行转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析，并使用R语言进行数据分析。以MOV10基因的表达为例，详细介绍了数据导入、差异表达基因分析等步骤。

数据科学工厂 2024-6-28 274 0 0 0 转录组
转录组比对番外篇：aligner 与 mapping 区别

aligner mapping STAR Kallisto Salmon

本篇文章介绍了转录组比对中的关键术语和软件，包括aligner和mapping的区别，以及STAR、Kallisto和Salmon的特点和优缺点。了解这些内容有助于选择合适的工具进行转录组比对和定量分析。

数据科学工厂 2024-6-26 207 0 0 0 转录组

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