转录组 - ResBang生信交流网 - 第2页

转录组学是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。

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小杜的生信笔记 2024-6-24 417 0 0 0 转录组
scRNA-seq｜Seurat 整合分析

scRNA-seq Seurat 整合分析细胞亚群数据集

了解单细胞测序数据集的整合分析方法，使用Seurat对复杂细胞类型进行比较分析，识别细胞亚群和细胞类型标记，探索细胞类型对刺激的特异性反应。学习如何整合不同条件下的数据集以进行有效的细胞分析。

数据科学工厂 2024-6-19 258 0 0 0 转录组
scRAN-seq｜加权最近邻分析(2)

scRAN-seq WNN分析

本文介绍了Seurat 5.0.0中的加权最近邻（WNN）分析方法，用于整合和分析多模态单细胞数据的无监督框架。WNN分析方法通过评估每种数据类型对每个细胞的具体贡献，实现对多种数据类型的综合分析，为单细胞基因组学领域带来了新的计算技术。文章示范了在10x multiome RNA+ATAC技术中应用WNN分析的流程，展示了如何创建多模态Seurat对象、对RNA和ATAC数据进行加权邻居聚类以及通过两种数据模态识别不同细胞类型和状态的潜在调控因子。

数据科学工厂 2024-6-19 359 0 0 0 转录组
scRAN-seq｜加权最近邻分析(1)

WNN分析 CITE-seq RNA测序抗体数据

了解Seurat 5.0.0中的加权最近邻（WNN）分析方法，无监督框架用于整合和分析多模态单细胞数据。通过CITE-seq和10x multiome展示了WNN分析的应用，实现对多种数据类型综合分析，包括RNA测序和抗体数据。详细介绍WNN分析流程，如预处理、降维、构建WNN图等步骤。安装SeuratData包来重现这个分析过程。

数据科学工厂 2024-6-19 253 0 0 0 转录组
单细胞｜RNA-seq & ATAC-seq 联合分析

单细胞 RNA-seq ATAC-seq 分析 DNA可接触性

本文介绍了如何使用 Signac 和 Seurat 这两个工具，对一个同时记录了 DNA 可接触性和基因表达的单细胞数据集进行综合分析。以一个公开的 10x Genomics Multiome 数据集为例，指定人体外周血单核细胞。文章内容覆盖了单细胞、RNA-seq、ATAC-seq 等多个关键词，适合对这些主题感兴趣的读者阅读。

数据科学工厂 2024-6-17 704 0 0 0 转录组
基因富集分析

基因富集分析生物学功能超几何分布

了解基因富集分析的重要性与作用，使用不同数据库进行富集分析，通过ClusterProfile进行富集代码操作。

生信菜鸟屋 2024-6-11 435 0 0 0 转录组
RNA-seq差异基因分析

RNA-seq 差异基因分析 DESeq2 生物学重复基因表达矩阵

本文介绍了RNA-seq数据分析的流程和常用的差异分析软件，包括limma，edger和DESeq2。重点介绍了DESeq2的原理和使用方法，以及在不同情况下选择合适的差异分析软件。对DESeq2进行了详细的描述，包括输入原始count数据和内部的负二项分布模型计算过程。文章还提到了DESeq2在处理样本数较少时的处理方式。

生信菜鸟屋 2024-6-10 729 0 0 1 转录组
R语言把otu表格的绝对丰度转换为相对丰度

R语言 otu表格相对丰度绝对丰度 tidyverse包

本文介绍了使用R语言的tidyverse包将otu表格的绝对丰度转化为相对丰度的方法，同时分享了代码实现过程以及导出结果的方法。

小明的数据分析笔记本 2024-6-9 950 0 0 0 转录组
RNA-seq数据分析

RNA-seq数据分析 fastp STAR RSEM 基因表达定量

本文介绍了RNA-seq数据分析流程，包括使用fastp对测序文库进行过滤、使用STAR将测序数据比对到参考基因组上以及使用RSEM进行基因的表达定量。详细步骤和参数设置均提供，帮助读者了解如何处理测序数据并得到基因的表达量信息。

生信菜鸟屋 2024-6-7 275 0 0 1 转录组

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