微生物组 - ResBang生信交流网

微生物组学是对特定时间特定生境中微生物群所包含所有基因序列（含同源序列）的研究。

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微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（一）

Phyloseq学习笔记数据导入 Phyloseq

学习如何利用Phyloseq对微生物组数据进行数据导入和分析，包括加载必要的R包、转换特征表和注释信息为matrix格式。

WF君 2024-5-13 1650 2 4 2 [1人赞] 微生物组
查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

taxonkit ncbi-genome-download

Learn how to query taxonomic information, download genome datasets using TaxonKit and ncbi-genome-download tools. Installation instructions and usage examples provided.

生信与基因组学 2024-9-1 324 0 0 0 微生物组
微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（二）

Phyloseq学习笔记特征表细菌界 OTU表

本文介绍了使用Phyloseq包进行微生物组数据分析的方法，包括去除宿主及按分类水平汇总特征表的步骤，以及根据注释信息汇总不同分类水平的OTU表的过程。详细讲解了如何剔除叶绿体、线粒体及未注释到的OTU，只保留细菌界的操作，并展示了将不同分类水平的OTU表进行汇总的示例代码。

WF君 2024-5-22 857 1 2 1 微生物组
微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（前言）

Phyloseq学习笔记 phyloseq包数据分析方法

了解如何利用Phyloseq包来处理扩增子下机数据，并快速高效地进行微生物组数据分析。本文将逐步分享phyloseq包的使用方法，帮助您活学活用生物信息学工具进行数据统计分析。

WF君 2024-5-11 1065 0 1 0 微生物组

微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（一）

查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（二）

微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（前言）