微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（前言）

WF君

本帖最后由 WF君 于 2024-5-11 17:28 编辑

phyloseq包

扩增子下机数据在经过上游处理后，最终会生成特征表、注释信息、进化关系、代表性序列以及分组信息等5个文件，这些文件需要逐个导入R中，用于后续的统计分析过程中。而phyloseq包可以将5个文件打包，在后续分析中直接调用。并且可以一步生成不同分类水平的特征表，极大提高了数据分析的效率。

后续将会分小节逐步分享phyloseq包的使用方法，现学现卖，活学活用！

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