单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门

学习如何进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的Seurat分析流程，包括数据下载、R包准备、数据预处理等步骤。了解如何安装必要的R包、构建Seurat对象以及对细胞中的线粒体基因进行分析和过滤处理。详细指导可在给定链接中查看。

生信与基因组学 2024-7-6 257 0 0 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合

学习单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）的基础知识以及使用 cell ranger 进行细胞定量和数据整合的过程。了解如何准备参考基因组和注释文件，执行细胞定量流程，并分析比对结果。通过批量执行细胞定量和整合多个细胞定量结果来深入探索单细胞测序分析领域的内容。

生信与基因组学 2024-7-6 442 0 0 [1人赞] 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建人类参考基因组注释

学习单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术和构建人类参考基因组注释的步骤。了解细胞定量的重要性以及如何使用cellranger软件进行比对、质控和定量分析。查看基本软件安装准备和人类参考基因组与基因注释文件的准备方法。详细介绍基因的生物类型查询和构建基因组注释的Shell脚本操作。

生信与基因组学 2024-7-6 257 0 0 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

单细胞RNA测序 scRNA-seq 数据质控

本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控的详细步骤。包括单细胞RNA测序入门、样本数据来源、单细胞数据下载、SRA数据下载和fastq-dump拆分、拆分fastq数据重命名、单细胞测序数据质控以及Cell ranger软件安装与流程测试。欢迎了解更多关于单细胞RNA测序的相关信息。

生信与基因组学 2024-7-6 448 0 0 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

了解单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据下载及拆分过程，包括使用NCBI查询SRA数据和下载SRR编号的方法。详细介绍了使用fastq-dump软件进行SRA文件拆分为fastq文件，并解释了10X单细胞数据中的UMI、样本index和Cell barcode的作用。提供了实际操作步骤和命令示例，帮助您快速处理和重命名拆分后的fastq文件。

生信与基因组学 2024-7-6 356 0 0 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增

学习单细胞RNA测序和DNA测序方法，包括流式细胞仪和微流控技术的应用，全基因组扩增技术如PCR和MDA的介绍。详细了解单细胞RNA测序的数据挖掘过程，UMI计数及单细胞RNA-seq的选择等关键内容。

生信与基因组学 2024-7-6 223 0 0 单细胞测序

单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门

单细胞RNA测序数据分析方法质控策略聚类分析功能富集分析

了解单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的工作流程及其在细胞分析中的应用。本文详细介绍了scRNA-seq的数据处理流程，包括从原始数据格式（如FASTQ和BCL）到质控、数据归一化、高变基因检测、批次效应校正等步骤。此外，还讨论了如何通过聚类、转录因子推断、拟时分析和细胞-细胞通讯研究来深入理解单细胞水平的生物学信息。功能富集分析和细胞周期阶段预测等方法也被应用于揭示细胞群体的功能和动态。最后，探讨了scRNA-seq与其他多组学技术（如CRISPR筛选和空间转录组学）的联合应用，以及未来单细胞技

生信与基因组学 2024-7-6 394 0 0 单细胞测序

空间单细胞｜10x Visium数据分析、可视化与整合(1)

空间单细胞 RNA测序数据 Seurat分析空间数据分析

本文介绍了使用Seurat分析具有空间分辨率的RNA测序数据的方法，重点在于将空间信息与分子数据相结合。包括数据标准化、降维和数据聚类、发现空间变异性特征、与单细胞RNA测序数据的整合以及处理多个样本切片等任务。同时介绍了一个最新发布的小鼠脑矢状面切片数据集，通过Visium v1化学技术生成，数据集包括两组连续的前脑切片和两组后脑切片。您可以利用Seurat中的Load10X_Spatial()函数将其导入，并通过SeuratData包轻松获取数据。

数据科学工厂 2024-7-6 324 0 0 单细胞测序

空间单细胞｜在Seurat中对空间数据进行分析（4）

本页面详细介绍了Seurat软件包在空间单细胞数据分析中的应用，特别聚焦于利用不同成像技术如MERSCOPE、CosMx和Akoya CODEX等分析人类淋巴结的公开数据集。内容涵盖了如何导入HuBMAP数据集以及使用LoadAkoya()函数进行蛋白质标记量化的方法，适用于对空间单细胞技术和数据分析感兴趣的研究人员和学者。

数据科学工厂 2024-7-2 185 0 0 单细胞测序

空间单细胞｜基于图像的数据分析（3）

空间单细胞

本文介绍了Seurat的一个新扩展功能，用以分析新型的空间解析数据，重点介绍了Vizgen MERSCOPE、Nanostring CosMx空间分子成像仪和Akoya CODEX三个公开数据集。其中详细介绍了Nanostring CosMx空间分子成像仪生成的数据集，包括其技术特点、数据样本来源及分析方法。同时结合Azimuth健康人类肺脏参考数据库进行对比分析，并提供了可下载的预先计算好的分析结果。

数据科学工厂 2024-6-30 336 0 0 单细胞测序

单细胞分析：marker鉴定（11）

单细胞分析 marker鉴定 Seurat探索细胞类型标记

本篇文章介绍了单细胞分析中的marker鉴定过程，包括学习目标、挑战、建议、以及识别每个簇的所有markers的方法。通过使用Seurat探索不同类型的标记，并提供具体的分析方法和代码示例，帮助读者更好地了解簇的身份和验证细胞类型。

数据科学工厂 2024-6-26 939 0 0 单细胞测序

单细胞基础教程：整合分析

整合分析 PBMC 干扰素β 数据集整合策略

这篇单细胞基础教程介绍了如何使用Seurat进行PBMC数据集的整合分析，以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。教程包括了比较不同数据集、识别共同细胞类型和寻找对刺激处理产生特异性反应的细胞类型等内容。通过对基因表达矩阵创建Seurat对象，并使用各种比较分析方法，您可以更好地理解细胞的差异和相似之处。详细教程及相关代码可以在链接中找到。

数据科学工厂 2024-6-26 313 0 0 单细胞测序

空间单细胞｜基于图像的空间数据分析（2）

空间单细胞图像数据分析 Seurat扩展功能

本文介绍了基于图像的空间数据分析，重点介绍了Vizgen MERSCOPE、Nanostring CosMx空间分子成像仪和Akoya CODEX等数据集的应用。详细讨论了在小鼠大脑研究中使用的10x Genomics Xenium In Situ数据分析方法，包括数据导入、细胞表达矩阵、细胞边界分割等步骤。适用于Seurat对象的创建及RNA数据的处理等内容。

数据科学工厂 2024-6-25 511 0 0 单细胞测序

单细胞分析：细胞聚类（十）

单细胞分析细胞聚类细胞类型聚类分析

本文介绍了单细胞分析中的细胞聚类分析方法，包括评估用于聚类的主成分数量的方法、根据重要的主成分对细胞进行聚类的学习目标、挑战和推荐，以及相关的数据处理与可视化方法。通过本文的学习，您将了解到如何执行细胞聚类分析以及在执行聚类之前需要考虑的一些关键因素。

数据科学工厂 2024-6-25 335 0 0 单细胞测序

单细胞分析：数据整合（九）

单细胞分析跨条件整合 Seurat对象 CCA MNN

本文介绍了单细胞分析中的跨条件整合方法，以识别相似的细胞类型。重点讨论了在不同条件下对齐相同细胞类型的挑战，并提出了使用共享高可变基因、CCA和MNN等方法来进行整合的建议。文章详细解释了整合的步骤和原理，以及在不同数据集和条件下进行整合的重要性。最后介绍了使用SCTransform对象进行整合的具体操作。

数据科学工厂 2024-6-25 354 0 0 单细胞测序

单细胞分析：归一化和回归（八）

单细胞分析回归归一化生物协变量技术协变量

本文介绍了在单细胞分析中执行回归和归一化的重要性，以及如何进行变异溯源和数据标准化。此外，还提供了针对该主题的学习目标、挑战和建议。文章还介绍了一些相关的R脚本和库，以及如何执行PCA分析来评估细胞周期阶段的相似性或差异。

数据科学工厂 2024-6-25 455 0 0 单细胞测序

单细胞分析：PCA和归一化理论（七）

单细胞分析 PCA 归一化计数细胞簇基因表达

本文介绍了单细胞分析中的PCA和归一化理论，探讨了为什么归一化计数对于准确比较细胞之间的基因表达至关重要，解释了如何通过主成分分析评估细胞之间的相似性。文章还提到计数归一化过程中需要考虑的因素，以及在scRNA-seq分析中如何执行PCA来降维和显示数据集中的模式。

数据科学工厂 2024-6-25 352 0 0 单细胞测序

单细胞分析：聚类流程（六）

单细胞分析 scRNA-seq 聚类流程细胞类型质量控制

本文介绍了单细胞分析中的聚类流程，包括质量控制后的工作流程、聚类分析的目标和步骤。通过对变异溯源、回归、整合、细胞聚类和质量评估等步骤的讨论，帮助读者了解如何识别和定义不同细胞类型。

数据科学工厂 2024-6-25 326 0 0 单细胞测序

单细胞空间｜在Seurat中对基于图像的空间数据进行分析（1）

Seurat 空间分析基因面板转录本

本文章介绍了Seurat中对基于图像的空间数据进行分析的新扩展功能，重点介绍了Vizgen MERSCOPE、Nanostring CosMx空间分子成像仪和Akoya CODEX三个公开数据集。文章详细介绍了Vizgen MERSCOPE数据集的特点和分析过程，并提供了相关的R代码。

数据科学工厂 2024-6-20 462 0 0 单细胞测序

单细胞Seurat - 降维与细胞标记(4)

Seurat 单细胞分析非线性降维 tSNE UMAP

本文介绍了Seurat单细胞分析中的非线性降维技术，包括tSNE和UMAP，并提醒用户在利用可视化技术进行细胞类型分配时需谨慎。同时也介绍了如何使用规范标记将无偏聚类与已知细胞类型进行匹配。欢迎关注本系列持续更新的Seurat单细胞分析教程。

数据科学工厂 2024-6-20 694 0 0 单细胞测序