表观组 - ResBang生信交流网

表观组学是指在基因组水平上研究表观遗传修饰的一门学科。这门学科属于“组学”范畴，专门针对非DNA序列变化的修饰信息进行研究，为人们对基因组的研究提供了一个新的视角。

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ChIP-seq 分析：Differential Peaks（15）

ChIP-seq differential peaks IP samples epigenetic events non-redundant peaks

Learn how to analyze ChIP-seq data for identifying differential peaks in epigenetic events using non-redundant peak analysis of IP samples. Find out how to quantify changes in fragment abundance and count the regions of interest from aligned BAM files in

数据科学工厂 2024-7-12 283 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：Consensus Peaks（14）

ChIP-seq 分析 Consensus Peaks MACS2 Myc peak

学习如何进行ChIP-seq分析，利用MACS2工具调用Consensus Peaks中的Myc peak，并将数据读入到R中。点击赞来支持我们吧！

数据科学工厂 2024-7-12 278 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：TF 结合和表观遗传状态（13）

ChIP-seq 分析 TF 结合表观遗传状态 ENCODE 高通量测序

本文介绍了ChIP-seq分析过程中的TF结合和表观遗传状态的重要性，同时介绍了ENCODE项目对转录因子结合位点的大规模映射以及高通量测序技术的应用。本文还着重讲解处理和表征Myc ChIPseq复制品的方法，并探究了Mel和Ch12细胞系之间独特或常见的Myc结合事件。

数据科学工厂 2024-7-12 264 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：GO 功能测试与 Motifs 分析（12）

ChIP-seq 分析 GO 功能测试 Motifs 分析 Bioconductor GREAT 包

了解如何使用rGREAT包中的GREAT Bioconductor接口进行ChIP-seq分析，包括GO功能测试和Motifs分析。提交作业并查看结果类别的方法。

数据科学工厂 2024-7-12 297 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：基因集富集（11）

ChIP-seq 分析基因集富集转录因子结合表观遗传标记 GO 联盟

在ChIP-seq分析中，基因集富集测试是一个重要步骤，用于检测转录因子结合或表观遗传标记在特定基因组中的富集情况。通过使用GO联盟、REACTOME和MsigDB等来源的精心策划的基因集，结合clusterProfiler包提供的多种富集函数，可以有效比较基因列表与已知基因集的关系，进而分析基因在TSS区域的峰重叠情况，为基因功能和生物过程的研究提供重要参考。

数据科学工厂 2024-7-8 268 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：数据与Peak 基因注释（10）

ChIP-seq 分析 Peak 基因注释 Myc ChIPseq 数据处理步骤

了解ChIP-seq分析和Peak基因注释技术，以及如何进行Myc ChIPseq数据处理步骤。获取MEL和Ch12细胞系中的Myc ChIPseq相关信息和文件，包括峰值调用结果。

数据科学工厂 2024-7-8 232 0 0 0 表观组
ChIPseq基因注释

ChIPseq基因注释基因注释 Peak 注释 ChIPseeker

了解ChIPseq数据中如何通过基因注释和峰注释来确定转录因子的靶基因，并使用ChIPseeker工具进行峰注释分析，以获得基因位置和距离等信息。

数据科学工厂 2024-7-8 209 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：Call Peak（8）

ChIP-seq 分析 peak caller MACS2

了解如何进行 ChIP-seq 分析并使用 peak caller 工具 MACS2 来识别转录因子结合区域。安装 MACS2 可以通过 Anaconda 包存储库在 Mac 和 Linux 上实现，同时也可以与 R 包 Herper 一起使用。 Herper 支持与 anaconda 包系统的交互，使得安装和管理工具变得更加容易。

数据科学工厂 2024-7-8 252 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：文库的复杂性和丰富性（7）

ChIP-seq 分析文库复杂性 PCR步骤重复率噪声源

了解ChIP-seq分析中文库复杂性和重复对结果的影响，使用flattagcounts()函数比较样本重复率，提高数据准确性。

数据科学工厂 2024-7-8 226 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：评估片段长度与处理（6）

ChIP-seq 片段长度评估交叉覆盖图 plotCC 函数

在ChIP-seq分析中，评估片段长度与处理是非常重要的。本篇文章介绍了如何用交叉覆盖评估读取聚类，并使用plotCC函数绘制交叉覆盖图，这将有助于峰识别和峰识别。同时本文还讲解了片段长度预测、链序列和元数据包含等方面的知识点。

数据科学工厂 2024-7-4 259 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：数据质控实操（5）

[md]## 1. 数据今天将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq 及其输入对照。 - 可在[此处](https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR000EUA/ "Myc")找 ...

数据科学工厂 2024-7-4 282 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：Mapped 数据可视化（4）

ChIP-seq 分析

了解如何进行 ChIP-seq 分析，使用 idxstatsBam() 函数检索 BAM 文件中映射的读取数量以实现数据可视化。学习如何绘制并分析Mapped reads数据，提高数据分析和可视化效率。

数据科学工厂 2024-7-4 251 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：数据比对（3）

ChIP-seq 分析 reads 比对

了解如何进行 ChIP-seq reads 比对和参考基因组生成，以便在基因组上识别富集的基因组位置。使用BSgenome库检索基因组序列信息，排除随机和未放置的重叠群，创建DNAStringSet对象进行进一步分析。

数据科学工厂 2024-7-4 256 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：原始数据质控（2）

ChIP-seq 分析数据质控原始数据 FASTQ 格式转录因子

了解ChIP-seq分析的数据质量控制和处理步骤。包括实验处理、数据格式和数据处理准备。获取关于转录因子结合位点的信息，并使用FASTQ格式的测序数据。详细介绍如何使用ShortRead包检查序列数据质量，并进行子采样以节省时间和内存。

数据科学工厂 2024-7-4 297 0 0 0 表观组
ChIP-seq 分析：教程简介（1）

ChIP-seq 分析 Bioconductor MACS2 基因组富集差异 ChIP 分析

本教程介绍了在Bioconductor环境下进行ChIP-seq分析的流程，包括数据比对、质量控制、peak calling、基因组富集测试、差异ChIP分析等步骤。通过安装和使用工具如MACS2，学习如何在R中预处理ChIP-seq数据并进行功能富集分析。欢迎查看详细课程内容和练习材料，深入了解ChIP-seq数据分析技术。

数据科学工厂 2024-7-4 336 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：Motifs分析（11）

ATAC-seq分析 Motifs分析切割位点查找 motifs CTCF基序

了解如何进行ATAC-seq分析和Motifs分析，包括如何寻找切割位点以及查找特定基序在基因组中的位置。使用BAM文件和motifDB库来执行这些分析。

数据科学工厂 2024-7-1 260 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：差异分析（10）

ATAC-seq 差异分析开放区域 non-redundant peaks DESeq2

本文介绍了如何使用R/Bioconductor进行ATAC-seq数据分析中的差异分析。重点讨论了识别开放区域中非冗余峰，并使用DESeq2评估ATACseq信号的变化的方法。同时还介绍了采用类似于Diffbind的方法，在ATACseq分析中合理建立的步骤。

数据科学工厂 2024-7-1 269 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）

ATAC-seq 注释开放区域基因注释 ChIPseeker

了解如何进行ATAC-seq分析，包括注释开放区域和基因的方法。使用ChIPseeker库来识别最接近的基因并提供简要注释和可视化。通过TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene的基因模型进行注释。

数据科学工厂 2024-7-1 366 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

ATAC-seq分析 Peak Calling 无核小体区域 MAC2 单端数据

了解如何进行ATAC-seq分析中的Peak Calling，并调用无核小体区域。包括使用MAC2软件进行峰值调用，针对单端和双端数据的不同参数设置，以及进行质量控制（QC）检查。学习如何评估峰值读取、重复率等关键指标，以提高数据质量和准确性。

数据科学工厂 2024-7-1 380 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：TSS 信号（7）

ATAC-seq分析 TSS信号 ATACseq 数据类型评估TSS信号

本文讨论了ATAC-seq分析中的TSS信号及其相关方法。ATACseq是一种使用转座酶提取转录因子结合位点和核小体游离信号的技术。文章介绍了数据类型、TSS信号的评估方法以及可视化工具soGGi bioconductor包的使用。如果您正在进行ATAC-seq分析，这篇文章将为您提供有用的信息和指导。

数据科学工厂 2024-7-1 520 0 0 0 表观组

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