表观组 - ResBang生信交流网 - 第2页

表观组学是指在基因组水平上研究表观遗传修饰的一门学科。这门学科属于“组学”范畴，专门针对非DNA序列变化的修饰信息进行研究，为人们对基因组的研究提供了一个新的视角。

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ATAC-seq分析：数据质控（6）

ATAC-seq 数据质控

- 本页介绍了ATAC-seq数据分析中的数据质控步骤，特别关注ATACseqQC库的操作。文章详细解释了如何使用PCR瓶颈系数（PBC1和PBC2）提升数据分析效果，并提供了在R语言中安装和运行ATACseqQC的示例代码。全文针对ATAC-seq分析中的BAM文件路径处理提供指导，助力研究者提高分析质量和效率。

数据科学工厂 2024-7-1 308 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：数据处理（5）

ATAC-seq分析

提供ATAC-seq数据分析过程中的关键步骤，包括核小体游离和占据状态的读数子集划分。详细介绍使用插入大小进行过滤的方法，以及如何创建代表无核小体、单核小体和双核小体的BAM文件，适用于从事生物信息学和基因组研究的用户。

数据科学工厂 2024-7-1 314 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：比对后处理（4）

ATAC-seq 比对后处理 GenomicAlignments ScanBamParam readGAlignmentPairs

本文介绍了如何使用GenomicAlignments包进行ATAC-seq数据的比对后处理，包括ScanBamParam和readGAlignmentPairs函数的使用，以及如何控制只读取正确配对的读数，从而提高数据处理的准确性和效率。

数据科学工厂 2024-7-1 406 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：比对（3）

ATAC-seq 比对质控 Greenleaf 参考基因组

本文介绍了ATAC-seq分析过程中常用的操作，包括质控、Greenleaf数据集处理、参考基因组创建和比对等内容。通过本文的指导，您可以了解如何从FASTQ文件到BAM文件的转换，同时也可以掌握哪些QC检查方法可以帮助您提高测序数据的质量。本文中还介绍了Bioconductor BSGenome库的应用以及hg19基因组的构建方法，为您更好地进行ATAC-seq数据分析提供帮助。

数据科学工厂 2024-6-29 425 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：数据介绍（2）

ATAC-seq分析数据处理生物信息学

了解ATAC-seq技术原理及优势，从不同来源获取数据集进行分析，使用Bioconductor提供的参考数据进行数据处理和分析。详细教程和链接提供了处理后的BAM文件和相关文件下载，帮助您进行进一步的研究分析。

数据科学工厂 2024-6-29 370 0 0 0 表观组
ATAC-seq分析：教程简介（1）

ATAC-seq Bioconductor peak calling genome enrichment motif enrichment

Learn how to analyze ATAC-seq data using Bioconductor and perform various steps such as QC, peak calling, genome/motif enrichment, and accessibility analysis. This tutorial covers topics such as data preprocessing, alignment, bigWig visualization, and mot

数据科学工厂 2024-6-29 340 0 0 0 表观组
Signac｜成年小鼠大脑单细胞ATAC分析（2）

Signac 成年小鼠大脑单细胞ATAC分析教程 10x Genomics

本教程介绍了使用10x Genomics提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集进行基因活动矩阵的创建。通过复现之前在人类外周血单核细胞（PBMC）的Signac入门教程中执行的命令，展示了其性能和适用性，并提供了一个来自不同物种的示例。

数据科学工厂 2024-6-10 458 0 0 0 表观组
Signac｜成年小鼠大脑单细胞ATAC分析（1）

单细胞ATAC分析成年小鼠大脑 Signac 10x Genomics

了解如何进行成年小鼠大脑的单细胞ATAC分析，使用Signac软件包和10x Genomics数据集。本教程复现了之前在人类外周血单核细胞的入门教程，并展示其性能、适用性以及不同物种示例。导入Signac和Seurat等软件包后，开始预处理工作流程。

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