R语言里将vcf文件转换为GenAlEx格式数据

小明的数据分析笔记本

GenAlEx 格式

https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Data_Preparation.html

在这个链接里有介绍

如果有了这个格式的数据可以用R语言的poppr包做主成分分分析。

公众号有读者留言问到如何将vcf格式的数据转换成 genalex格式

我查了一下找到一个链接

https://rdrr.io/github/green-striped-gecko/dartR/man/gl2genalex.html

Converts a genlight object into a format suitable for input to genalex

如何获取 genlight object

找到了一个参考链接

https://cran.r-project.org/web/packages/vcfR/vignettes/converting_data.html

这里需要用到vcfR这个R包

安装这两个R包

install.packages("vcfR")
BiocManager::install("SNPRelate")
install.packages("dartR")
install.packages("poppr")

加载R包

library(vcfR)
library(dartR)
library(poppr)

读取vcf文件进行转换

vcf<-read.vcfR("D:/Jupyter/practice/rMVP_GWAS/smoove.filtered.impute.vcf.gz")
x <- vcfR2genlight(vcf)

x$ind.names ## 按照这个顺序准备一个群体分组

pop(x)<-sample(c("pop1","pop2","pop3"),102,replace = TRUE) ## 我这里的群体分组是随便给的
gl2genalex(x,outfile = "smoove.csv",outpath = "D:/Jupyter/practice/rMVP_GWAS")

部分输出结果

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