R语言把otu表格的绝对丰度转换为相对丰度

小明的数据分析笔记本

otu表格的格式是每行是一个微生物，每列是一个样本，如下截图

相对丰度就是 在这个样本中微生物的绝对丰度除以这个样本中所有微生物绝度丰度的和

用R语言的tidyverse包来实现，代码

首先是读取数据

library(tidyverse)
library(readxl)

df<-read_excel("D:/R_4_1_0_working_directory/env001/2024.data/20240609/example_otu.xlsx")

转换代码

new.df<-df %>% 
  pivot_longer(!otuID) %>% 
  group_by(name) %>% 
  mutate(total=sum(value)) %>% 
  mutate(relative_abun=value/total) %>% 
  pivot_wider(id_cols=c("otuID"),names_from = name,values_from = relative_abun)

new.df

基本的思路是：先把otu表格宽格式转换成长格式，然后根据样本分组求和，生成一个新的列，然后用绝对丰度值除以求和列得到相对丰度，最后再转换为长格式

导出excel

rio::export(new.df,file = "D:/R_4_1_0_working_directory/env001/2024.data/20240609/example_otu_relativeAbun.xlsx")

这里需要用到R包 rio 如果之前没有用过需要单独安装一下

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