基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分 | 二

小杜的生信笔记

「一边学习，一边总结，一边分享！」

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原文链接：基因 TBtools 做基因家族分析 | 生信部分 |

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基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分 | 一

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2.7 使用Figtree绘制进化树

在2.6和2.7小节中，我们讲述了使用ggtree和MEAG绘制进化树，这些软件都是比较常用的。在这次作图过程中，自己的无意间也查询到使用Figtree可视化工具绘制进化树。主要是看到这张图，平时自己看到的图都是矩阵类型或是圆形，类似这个半圆看着是比较好看。Figtree网址：http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/软件下载可以到GitHub中下载：https://github.com/rambaut/figtree/releases下载后无需安装，即可使用(根据自己的版本调整)。将FigTree v1.4.4快捷键发送到桌面即可

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对于Figtree软件的使用，全网依旧是很一定数量的教程，大家可以自行进行查找，或观看帮助文档。

2.7.1 Figtree绘制进化树基础图形

打开Figtree界面是比较简单，这个软件的获得的图形的类型也是相对比较少，只适合小众类型的进化树绘制。对于很复杂类型进化树还是不推荐使用Figtree绘制。

1. 点击File-Open,导入数据
2. 获得进化树
3. 调整。全部参数可以在左侧调整即可。包括，大小、间距、距离参数等。以上参数，仅仅只是必要调整的参数，具体看自己的分析进行调整即可，无固定模式。

2.7.2 Figtree绘图的模式

我在前面说过Figtree绘制进化树的图类型很少，只有三种大类型。具体如下所示。

1. 一般的聚类类型
2. 圆形circular

2.7.3 Figtree绘制进化树美化图形

如何进行美化，是我们一直在追求的方向。在进化树中分支的上色是必须的，在Figtree中依旧可以做。**注意：我们这里只是简单的说明如何上色，具体操作自己进行。**最终图形可以获得如下图所示。

2.7.4 Figtree导出图形

调整好图形参数，如何导出图形呢？操作如下所示。File-Export JPEG/PNG/PDF.....，导出适合的的图形格式即可，但是建议导出的矢量图。后期AI进行调整。（通过上面导出图形，我们可以看到图形的颜色长度是不同的，这个问题要如何解决，暂时没有找到好的方法。在ggtree绘制中自己也遇到这里的问题。如果在的图形软件中无法解决，只能通过后期解决。）

2.7.4 重新文章中图形

那么如何绘制类似的图形呢？根据前期的参数，只需要进一步优化即可。 2. 主图（1） 将图形性状选择圆形（2） 调整Root Angle和Angle Rangle调整到适合的形状。2. 分类附图在这个图中，我个人将其进化树分为进化树分类附图。这个图也是使用的Figtree进行绘制。具体操作如下所示。

• 选择分类图形
• 调整参数
• 树枝的宽度可以宽1-2个size
• 调整自己喜欢的Trabsform Branches
• 继续调整

-- 注意： 进化树的分支，主图和附图要一致。为了进一步确定明确两个图的一致性，建议直接在附图中，对分支进行填充颜色。操作与上述一致。

2.7.5 AI合并美化

1. 打开AI
2. 新建图形
3. 导入进化树图形
4. Ctrl + R打开AI中的标尺、拖出x轴或Y轴参考线
5. 调整半圆进化树，做到“横平竖直”
6. Ctrl + A全选，选择图形，Ctrl + C进行复制，或直接进行拖拽到新建图形中。
7. 调整适合的图形大小，调整时，一直按住shuft，避免图形横纵大小改变。
8. 建议，在图形中如有新的图形产出，建议每个新的图形都新建立一个图层，利于后期的修改。
9. 随后就进行进化的调整，我们在这里，需要对AI有一定的基础知识，才可以。比如，如何随意修改图形的形状，类似图例所示。这里操作很繁琐，具体操作自己进行。
10. 导入进化树分支
11. 如何线条太细，可以进行调整适合粗细。
12. 分支添加颜色

• 新建图形
• 选择椭圆工具
• 绘制椭圆，调整适合的分支位置和的添加分支颜色
• 适当的调整颜色
• 依次绘绘制即可
• 字体调整（如果在图形中梯子较小，也可以在AI中调整）使用选择工具，选择调整字体，直接进行修改即可。
• 调整图形大小
• 最终出图
• 也可以直接间监矩形进化树进行进行合并，相比育德圆形或半圆，调整颜色柱就很容易，直接拉成一样长度即可。-- **细节自己调整。**

2.8 目的基因结构可视化

需要文件:

1. 目的基因注释文件（GFF or GTF）
2. 进化树文件（可选）

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2.8.1 使用ID和基因组注释文件绘制

1. 使用TBtools直接操作，依次点击：Gene Structure View结果如图所示：

2.8.2 提取目的基因的注释文件（推荐）

我们会发现，输入ID处也是可以输入进化树文件信息。因此，我们推荐直接提取获得目的基因的注释文件信息，单独使用GTF文件信息或是GFF信息进行绘制。

1. 获得GFF注释信息 使用已有的目的基因的ID与基因组注释文件进行匹配获得。

cat Araport11_GTF_genes_transposons.current.gtf | grep -wf TAR11.test.id > TAR11.test.gtf

$ cat Araport11_GTF_genes_transposons.current.gtf | grep -wf TAR11.test.id | head 
Chr1 Araport11 mRNA 18935301 18937665 . + . transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935380 18935673 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935743 18935796 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935908 18935982 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936083 18936205 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936278 18936469 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936552 18936635 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936723 18936815 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936903 18936956 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18937039 18937118 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";

1. 进化树获得 同上的方法获得
2. MEMExml or MAST.xml文件 同上
3. 绘图 依次提交相关的文件即可

2.9 进化树、Motifs、结构域、基因结构合图绘制

以上的操作，都可以获得单张图形，那么如何多图绘制在一起呢？TBtools也提供了相关的教程,TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....，我们可以根据此教程进操作。具体如下：获得结果（来自CJ教程）：

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2.10 图形美化

到这里，我们的整张图形就可以获得。但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。我前面说过，我的这个教程重点是图形美化。自己是更喜欢，TBtools单张出图的类型，然后进行AI或PS美化的。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。

2.10.1 TBtools图形颜色的调整

我们这里只是随意进行调整，图形无任何意义。

1. 步骤一、点击图形中的方块、右键
2. 调整色块3、选择先要的色块、点击Selecteed4、更改成功 但是你会大发现，图中所有一样的颜色色块都会改变。

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类似的功能、自己逐渐去摸索。

2.10.2 单张出图

如果上面的方式没有很好实现自己想要的效果。那么，我们就只能单张出图、后面再进行合并。

注意：在绘图时，我们的要提前想好自己的文章或这张图的颜色设置，以及图形的色调是属于什么类型的。理论上，一整篇文章图形色调和类型要保持一致。

如果，在后期的调整中。图形颜色需要重新调整，我们可使用AI进行调整或是重新绘制，少量还是比较方便，但是图形又大有多，重画是很奔溃的事情。

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若我们的教程对你有所帮助，请点赞+收藏+转发，这是对我们最大的支持。

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