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scRNA-seq｜Seurat 整合分析

了解单细胞测序数据集的整合分析方法，使用Seurat对复杂细胞类型进行比较分析，识别细胞亚群和细胞类型标记，探索细胞类型对刺激的特异性反应。学习如何整合不同条件下的数据集以进行有效的细胞分析。
scRNA-seq Seurat 整合分析 细胞亚群 数据集
赞 · 阅读 260 ·数据科学工厂 · 2024-06-19 转录组

单细胞分析｜映射和注释查询数据集

本文介绍了单细胞分析中的映射和注释查询数据集的过程，以及构建和利用参考数据集进行数据分析的方法。文中提供了关于人类胰岛细胞数据集预处理的示例和代码演示，同时也介绍了如何通过不同技术构建参考并将其他数据集映射到该参考上的步骤。 ...
单细胞分析 映射数据集 数据集预处理 人类胰岛细胞 参考构建
赞 · 阅读 379 ·数据科学工厂 · 2024-06-19 单细胞测序

scRAN-seq｜加权最近邻分析(2)

本文介绍了Seurat 5.0.0中的加权最近邻（WNN）分析方法，用于整合和分析多模态单细胞数据的无监督框架。WNN分析方法通过评估每种数据类型对每个细胞的具体贡献，实现对多种数据类型的综合分析，为单细胞基因组学领域带来了新的计算技术。文章示范了在10x multiome RNA+ATAC技术中应用WNN分析的流程，展示了如何创建多模态Se ...
scRAN-seq WNN分析
赞 · 阅读 360 ·数据科学工厂 · 2024-06-19 转录组

scRAN-seq｜加权最近邻分析(1)

了解Seurat 5.0.0中的加权最近邻（WNN）分析方法，无监督框架用于整合和分析多模态单细胞数据。通过CITE-seq和10x multiome展示了WNN分析的应用，实现对多种数据类型综合分析，包括RNA测序和抗体数据。详细介绍WNN分析流程，如预处理、降维、构建WNN图等步骤。安装SeuratData包来重现这个分析过程。 ...
WNN分析 CITE-seq RNA测序 抗体数据
赞 · 阅读 253 ·数据科学工厂 · 2024-06-19 转录组

基因组组装：Hifiasm 使用教程

欢迎使用Hifiasm进行基因组组装，该软件支持快速的单倍型解析和de novo组装，适用于处理HiFi、超长和Hi-C reads。通过简单的安装步骤，您可以轻松完成端粒到端粒的组装，包括利用ONT reads、Hi-C reads以及trio binning技术。生成的结果将以GFA格式呈现，包括原始单元图谱、解析单元图谱和主要连续片段图谱等。欢迎体验Hifi ...
Hifiasm 基因组组装 单倍型解析 de novo 组装 HiFi reads
赞 · 阅读 14411 ·数据科学工厂 · 2024-06-19 基因组

单细胞多组学数据集的整合分析：scRNA-seq与scATAC-seq数据集的联合注释与可视化

本文介绍了如何进行单细胞多组学数据集的整合分析，特别是针对scRNA-seq和scATAC-seq数据集的联合注释与可视化方法。通过使用Signac软件包来标记和映射细胞数据，展示了如何结合不同实验数据并进行全面分析。此外，在加载和处理数据时，还介绍了利用SeuratData包和相关工具的步骤。 ...
scRNA-seq scATAC-seq 整合分析 联合注释 可视化
赞 · 阅读 449 ·数据科学工厂 · 2024-06-18 单细胞测序

单细胞分析：多模态 reference mapping (2)

本文介绍了如何利用Seurat软件中的多模态 reference mapping 功能，将查询的单细胞RNA测序数据集与参考数据集进行匹配。通过该方法，可以高效地对细胞进行标注，并在UMAP可视化界面上展示查询细胞的投影。同时，还介绍了在CITE-seq参考数据集中测量表面蛋白的预测水平的估算过程。如果您想了解更多关于单细胞分析和多模态数 ...
单细胞分析 多模态数据集 参考映射 Seurat v4 UMAP可视化
赞 · 阅读 281 ·数据科学工厂 · 2024-06-18 单细胞测序

单细胞分析：多模态 reference mapping (1)

本文介绍了如何利用Seurat软件进行单细胞分析，包括多模态参考映射、UMAP可视化界面的使用和CITE-seq数据集的应用。此外，还提供了相关代码和操作步骤。
单细胞分析 参考映射 UMAP可视化界面 CITE-seq
赞 · 阅读 457 ·数据科学工厂 · 2024-06-18 单细胞测序

单细胞分析：质控实战（五）

本文介绍了单细胞分析中的质量控制实战，包括构建质控指标、应用过滤器去除低质量细胞、挑战和质量标准。通过计算额外指标如基因检测数和线粒体比率来评估数据质量，并介绍了 Novelty score 的计算方法。文章还提及使用 Seurat 进行数据质量分析与过滤的步骤。 ...
单细胞分析 质量控制 过滤器 Seurat 基因检测
赞 · 阅读 312 ·数据科学工厂 · 2024-06-18 单细胞测序

单细胞分析：质控（四）

了解单细胞分析的质控流程和数据导入方式，学习如何进行质控和分析数据。本教程使用scRNA-seq数据集进行示范，通过导入数据到R语言进行QC准备。详细介绍了数据来源和准备过程，包括环境准备和数据下载，以及项目结构和数据处理的方法。建议在质控和分析前充分了解样本数据，有助于后续分析的进行。 ...
单细胞分析 质控 数据导入 质控准备
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