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微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（一）

[md]# 数据导入 ``` # 加载包 library(phyloseq) library(Biostrings) library(tidyverse) ``` .将特征表、分组文件、注释信息导入R中，其中特征表和注释信息需要转换为matrix格式： ``` asvtab % as.matrix() metadata
x 3· 赞 ·阅读 67 ·WF君 ·2024-05-13

测试一下图片问题

[md]图片经常出现问题，经常会不显示，发个贴子测试一下怎么样 ![2a294e8937d89e5723dca88fe7532da.jpg](data/attachment/forum/202405/18/144039pjrrk4saxmkf0880.jpg?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/300 "2a294e8937d89e5723dca88fe7532da.jpg") [/md]
x 1· 赞 ·阅读 20 ·admin ·2024-05-18

常用生信在线网站集锦

[md]> 本帖最后由 Bioleader 于 2024-5-11 20:31 编辑 # RNA二级结构 ## 1 Mfold 工具链接： http://unafold.rna.albany.edu/ ![](https://pic3.zhimg.com/80/v2-9071948726de58ca073fd4ea35c01d5e_720w.webp) ## 2 RNAfold 工具链接： http://rna.tbi.univie.ac.at/ ![](https://pic4.zhimg.com/80/v2-b06a14b5e0 ...
x 2· 赞 ·阅读 67 ·Bioleader ·2024-05-11

微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（前言）

[md]# phyloseq包 扩增子下机数据在经过上游处理后，最终会生成特征表、注释信息、进化关系、代表性序列以及分组信息等5个文件，这些文件需要逐个导入R中，用于后续的统计分析过程中。而phyloseq包可以将5个文件打包，在后续分析中直接调用。并且可以一步生成不同分类水平的特征表，极大提高了数据分析的效率。 后续将会 ...
x 1· 赞 ·阅读 67 ·WF君 ·2024-05-11

快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列

[md]# 所需文件： fasta格式的基因组序列文件`GRCh38.fa` gtf或gff格式的基因注释文件`GRCh38.gtf` # 1 安装gffread软件 我一般是通过conda安装 ``` conda install bioconda::gffread ``` # 2 提取转录本序列、CDS和蛋白序列 使用代码`gffread -h`可以参考所有可用参数 ## 2.1 获取转录本序列 ``` gffread GRCh38. ...
x 1· 赞 ·阅读 76 ·Bioleader ·2024-05-11

利用Arlequin软件计算AMOVA等（二）-DNAsp软件和Arlequin软件教程

[md]# 1 使用DNAsp打开mega比对好的序列 ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/203109rbrrooeeyb8dyqpq.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/300 "image.png") # 2 打开data-define sequence sets ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/203125ytvuefwcu5ecub3u.png?imageMogr2/auto-or ...
赞 ·阅读 67 ·Bioleader ·2024-05-09

利用Arlequin软件计算AMOVA等（一）-使用mega进行序列比对和进化树绘制

[md]# 1 手动将序列改为fasta文件格式，保存至TXT文件中，文件后缀改为.fas ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/211635wf9frrmyijvsrmny.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/300 "image.png") # 2 打开mega，将数据导入，多序列比对 ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/211706dzm ...
赞 ·阅读 63 ·Bioleader ·2024-05-09

DNAsp进行群体单倍型分析

[md]# 1 使用mega进行多序列比对，保存为fasta格式 ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/212357qk305k0hz29fe05z.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/300 "image.png") # 2 使用DNAsp打开文件 ![image.png](data/attachment/forum/202405/09/212415nczmzpjcoorurb7o.png?imageMogr2/auto-orie ...
赞 ·阅读 63 ·Bioleader ·2024-05-09

基于ColabFold网站，使用alphafold进行蛋白互作预测（含PYMOL使用方法）

[md]需要条件： VPN PYMOL 软件（https://pymol.org/） # 1 进入 ColabFold 在线网址 https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb # 2 在以下红色输入框中添入输入氨基酸序列 ![image.png](data/attachment/forum/202405/10/135227cppx2c2pbb2ff2fh.png?imageMogr2/aut ...
赞 ·阅读 70 ·Bioleader ·2024-05-10

手机版测试

手机版测试一下
赞 ·阅读 9 ·admin ·2024-05-18
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