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R语言做生态位分化分析（3）一个真实的小例子

本文介绍了使用R语言进行生态位分化分析的一个真实例子，数据和代码来源于一篇论文。论文标题是Using genomics, morphometrics, and environmental niche modeling to test the validity of a narrow-range endemic snail, Patera nantahala (Gastropoda, Polygyridae)。文章提供了相关数据和代码的链接，可以通过这些链接 ...
R语言 Patera nantahala Gastropoda Polygyridae genomics
赞 · 阅读 621 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-12 数据可视化

用R语言的ggplot2包复现一下Nature正刊论文中的气泡图

通过R语言中的ggplot2包，以Nature正刊论文中的气泡图为例，介绍如何实现Figure4a图表。文章讨论了曲线线段与函数参数设置的问题，并提供了解决方案。同时，还包括对转录组数据处理流程的介绍，以及丰富的示例数据和作图代码。 ...
赞 · 阅读 853 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-11 数据可视化

用R语言的circlize包复现一下Microbiome期刊中的圈图

本文介绍如何利用R语言中的circlize包复现Microbiome期刊中的圈图，并提供了数据整理和作图的具体方法。该图涉及到otu表格、Hu sheep lambs等内容，对于喜欢数据可视化和相关研究的读者有参考价值。
R语言 circlize包 Microbiome期刊 圈图 otu表格
赞 · 阅读 596 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-10 数据可视化

R语言做生态位分化分析（2）找找参考论文

通过R语言进行生态位分化分析，寻找相关论文以及提供的数据和代码，探讨对结果的描述。了解如何使用ENMtools包中的identity.test()函数。了解关于蜗牛和冠状病毒的环境数据研究，欢迎关注《小明的数据分析笔记本》公众号，分享数据分析、数据可视化、基因组学等内容。 ...
R语言 论文 数据复现
赞 · 阅读 504 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-08 数据可视化

R语言做双侧威尔克森（Wilcoxon）配对符号秩检验简单小例子

本文介绍了使用R语言进行双侧威尔克森配对符号秩检验的简单小例子，示例数据来源于特定论文，提供了论文中组学数据处理流程的代码链接。同时介绍了关于警告信息的解决方法。
R语言 代码 论文数据处理 组学数据
赞 · 阅读 713 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-07 数据可视化

R语言里将vcf文件转换为GenAlEx格式数据

本文介绍了如何使用R语言将vcf文件转换为GenAlEx格式数据，并提供了相关链接和代码示例。还介绍了如何使用poppr包进行主成分分析，以及安装和加载所需的R包。
R语言 vcf文件 GenAlEx格式 poppr包 genlight object
赞 · 阅读 757 ·小明的数据分析笔记本 · 2024-06-03 数据可视化

R语言里做生态位分化分析（1）背景知识查询

本文介绍了在R语言环境中使用ENMTools和geodata进行生态位分化分析的方法，包括获取环境数据和世界气候数据的过程。ENMTools提供了用于生态位分化分析的函数`identity.test()`，而geodata则可以帮助获取环境数据。另外还介绍了世界气候数据中包含的19个bioclimatic数据，并提供了相关的下载方法。 ...
R语言 ENMTools geodata 世界气候数据 bioclimatic
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x 2· 赞 · 阅读 533 ·Bioleader · 2024-05-11 数据可视化
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