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Bioleader

本帖最后由 Bioleader 于 2024-5-11 20:43 编辑

本帖最后由 Bioleader 于 2024-5-11 20:31 编辑

RNA二级结构

1 Mfold

工具链接：

http://unafold.rna.albany.edu/

2 RNAfold

工具链接：

http://rna.tbi.univie.ac.at/

蛋白互作网络

3 String

工具链接：

https://string-db.org/

基因共表达网络

4 Coexpedia

工具链接：

http://www.coexpedia.org/

序列Motif

5 MEME

工具链接：

http://meme-suite.org/

6 Weblogo

工具链接：

http://weblogo.threeplusone.com/

基因信息查找

7 Genecard

工具链接：

http://www.genecards.org

序列展示

8 ESPript

工具链接：

https://espript.ibcp.fr/ESPript

Gene ID转化

9 BioMart

工具链接：

http://www.ensembl.org/

10 g:profiler

工具链接：

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

韦恩图

11 Venny2.0

工具链接：

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

12 OmicShare 韦恩图工具

工具链接： http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn

三元图

13 Ternary plot maker

工具链接：

https://www.ternaryplot.com/

基因结构分析

14 FGENES

工具链接：

http://softberry.com/

范例结果：

系统发育分析

15 iTOL

工具链接：

https://itol.embl.de/

16 Evolview

工具链接：

http://www.evolgenius.info/evolview/

启动子预测

17 Promoter Scan

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

蛋白一级结构预测

18 PredictProte

工具链接：

https://www.predictprotein.org/home

19 ProtParam tool

工具链接：

http://web.expasy.org/protparam/

信号肽预测

20 SignalP

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

跨膜结构域

21 TMHMM Server v. 2.0

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

亚细胞定位

22 PSORT

工具链接：

https://www.psort.org/

蛋白三级结构预测

23 SWISS-MODEL

工具链接：

https://swissmodel.expasy.org/

24 Phyre2

工具链接：

http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index

短序列拼接

25 Cap3

工具链接：

https://doua.prabi.fr/software/cap3

GO富集分析

26 OmicShare GO富集分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html

KEGG富集分析

27 OmicShare KEGG富集分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html

趋势分析

28 OmicShare 趋势分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend

蛋白结构域预测

29 Pfam

工具链接：

http://pfam.xfam.org/search

基因组杂合性评估

30 GenomeScope

工具链接：

http://qb.cshl.edu/genomescope/

圈图

31 CIRCOS

工具链接：

https://mk.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

热图

32 Omicshare热图工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap

原文链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/181651666?utm_source=qq

如有侵权，请联系作者删除。

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