R语言绘图 | 使用ggplot2绘制热图，指定显示基因和旋转

小杜的生信笔记

# 原文链接：R语言绘图 | 使用ggplot2绘制热图，指定显示基因和旋转

绘图代码

1.创建数据

set.seed(123)
genes <- c("TP53", "BRCA1", "EGFR", "VEGFA", "APOE", "IL6", "TNF", "INS", "ESR1", "MTHFR")
samples <- c(paste("CK",1:5, sep = ""),
             paste("Treat",1:5, sep = ""))
data_matrix <- matrix(runif(100, min = -2,max = 2), nrow = 10,
                      dimnames = list(genes, samples))

1. 转换数据

data_df <- as.data.frame(as.table(data_matrix))

1. 绘制基础图形

ggplot(data_df, aes(Var2, Var1, fill=Freq)) +
  geom_tile() +
  geom_text(aes(label  =round(Freq,2)), color = "black",size = 3# 修改图中字体大小
            )+
  scale_fill_gradient2(low="#9ACAE8",mid = "white", high="#F5C1C8", midpoint = 0,
                       ## 取值范围
                      limits = c(-2,2),
                      ## 修改
                      name = "TPM",
                      # 自定义颜色条的刻度
                      breaks = c(-2,0,2),
                      ) +
  labs(x = NULL, y = NULL, title = NULL)+
  theme_minimal()+
  theme(
    # plot.title = element_text(size = 16),         # 修改标题的字体大小
    # axis.title.x = element_text(size = 14),       # 修改x轴标签的字体大小
    # axis.title.y = element_text(size = 14),       # 修改y轴标签的字体大小
    axis.text.y = element_text(size = 10),        # 修改y轴刻度标签的字体大小
    legend.title = element_text(size = 10),       # 修改图例标题的字体大小
    legend.text = element_text(size = 10),        # 修改图例文本的字体大小

    axis.text.x = element_text(size = 12,angle = 0, hjust = 1)) # 旋转x轴标签，使其可读性更强

附件：image.png

1. 只显示指定基因表达量

ggplot(data_df, aes(Var2, Var1)) +
  geom_tile(aes(fill = ifelse(Var1 == "BRCA1", Freq, Freq))) +  # 使用Freq作为默认值
  geom_text(aes(label = ifelse(Var1 == "BRCA1", round(Freq, 2), "")), color = "black", size = 3) +  # 仅显示BRCA1基因的表达量
  scale_fill_gradient2(low="#9ACAE8",mid = "white", high="#F5C1C8", midpoint = 0,
                       ## 取值范围
                       limits = c(-2,2),
                       ## 修改
                       name = "TPM",
                       # 自定义颜色条的刻度
                       breaks = c(-2,0,2),
  ) +
  labs(x = NULL, y = NULL, title = NULL)+
  #theme_minimal()+
  theme_bw()+
  theme(
    # plot.title = element_text(size = 16),         # 修改标题的字体大小
    # axis.title.x = element_text(size = 14),       # 修改x轴标签的字体大小
    # axis.title.y = element_text(size = 14),       # 修改y轴标签的字体大小
    axis.text.y = element_text(size = 10),        # 修改y轴刻度标签的字体大小
    legend.title = element_text(size = 10),       # 修改图例标题的字体大小
    legend.text = element_text(size = 10),        # 修改图例文本的字体大小
    axis.text.x = element_text(size = 12,angle = 0, hjust = 1)) # 旋转x轴标签，使其可读性更强

1. 显示多个基因

6. 旋转图形

p <- ggplot(data_df, aes(Var2, Var1, fill=Freq)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_gradient2(low="#9ACAE8",mid = "white", high="#F5C1C8", midpoint = 0,
                       ## 取值范围
                       limits = c(-2,2),
                       ## 修改
                       name = "TPM",
                       # 自定义颜色条的刻度
                       breaks = c(-2,0,2),
  ) +
  labs(x = NULL, y = NULL, title = NULL)+
  theme_minimal()+
  theme(
    axis.text.y = element_text(size = 10, color = "black"),   
    legend.title = element_text(size = 10, color = "black"), 
    legend.text = element_text(size = 10, color = "black"), 
    axis.text.x = element_text(size = 12, color = "black",
                               angle = 0, hjust = 1)) 

# 将ggplot对象转换为grob对象
g <- ggplotGrob(p)

# 创建一个弯曲的视图端口
pushViewport(viewport(width=unit(0.8, "npc"), height=unit(0.8, "npc"), angle=60))

# 绘制弯曲的热图
grid.draw(g)

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