R中无法安装GitHub包 | 花费大量时间的小小经验

小杜的生信笔记

写在前面

最近在安装R包时，遇到无法安装包的情况，然后自己就各种捣鼓。最后，R环境也会让自己弄崩，如果你遇到此情况R语言无法调用stats.dll的问题解决方案,可以参考我前面的方法捣鼓一下。

那么，这个推文也是记录自己 曲折的，愤怒的,难受的的安装历程。

安装遇到最头疼的报错

各种 Error，下载程序包"******"时出问题，返回值不是0等等。

如何解决

可能遇到的问题

我前面安装最大可能的原因就是网络的问题，emm，这个是真的头疼。

1. 网络问题

我们平时遇到的，最多的是无法访问国外网络。如 github，Bioconductor（有时也需要）等。那么我们只要开一个vpn基本可以改善。

2. 已经开vpn，网络可以正常访问，依旧无法下载

这种情况也是，我遇到的。我的GitHub，国外网络访问速度都是很快，但依旧无法正常安装包。**(解决方案，在第3点一起说)**

3. 下载包无法安装

在第1或第2点的基础上，可以下载安装包进行安装。但是安装包不一定能安装成功，这就很难受了。（PS：也有可能是自己安装的操作不正确）

解决方案

1. 开网络vpn

2. 继续捣鼓

3. 更换网络

自己遇到的情况及解决方案

遇到情况情况：开网络vpn,一切可以正常访问；GitHub安装其他人没问题（咨询了开发此包的大佬）；其他包安装没问题（自己R没问题）；下载此包本地安装，无法安装（无奈）........

遇到这样情况，请听我一句劝：不要折腾了，果断换网络。

自己解决方案：

建议可以尝试一下Y叔叔的方案，或是评论区的方法。听说你装不了github的包？

1. 隔天早上解决，关机回家睡觉。

2. 先安装相关依赖的包 依次安装后，再次安装需要的包。

3. 依旧无法安装，报错。

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 79020899 bytes (75.4 MB)
downloaded 16.7 MB

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
  download from 'https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz' failed
In addition: Warning messages:
1: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
  problem copying D:\R\R_library\00LOCK\vctrs\libs\x64\vctrs.dll to D:\R\R_library\vctrs\libs\x64\vctrs.dll: Permission denied
2: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
  problem copying D:\R\R_library\00LOCK\rlang\libs\x64\rlang.dll to D:\R\R_library\rlang\libs\x64\rlang.dll: Permission denied
3: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
  problem copying D:\R\R_library\00LOCK\cli\libs\x64\cli.dll to D:\R\R_library\cli\libs\x64\cli.dll: Permission denied
4: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
  problem copying D:\R\R_library\00LOCK\Rcpp\libs\x64\Rcpp.dll to D:\R\R_library\Rcpp\libs\x64\Rcpp.dll: Permission denied
5: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
  problem copying D:\R\R_library\00LOCK\processx\libs\x64\processx.dll to D:\R\R_library\processx\libs\x64\processx.dll: Permission denied
6: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  downloaded length 17548776 != reported length 79020899
7: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  URL 'https://mghp.osn.xsede.org/bir190004-bucket01/archive.bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz': Timeout of 60 seconds was reached
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  下载程序包‘org.Mm.eg.db’时出了问题

若出现先以上这个报错,可以试一下我这这个方案，无需直接到此包的网址中下载包（PS：下载后安装也报错，这是本次遇到的情况）直接下载此网址中的包，进行安装。

操作后，可以正常安装

OK！

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小杜的生信筆記**，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!**

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