ClusterProfiler包进行KEGG富集报错

小杜的生信笔记

报错提示

一、事情的起因

事情的起因是这样的，话说在2022年11月份某一天的深夜，小杜将要做功能预测富集分析。使用的是Y叔叔的ClusterProfiler包。前面的一切都很正常，乜有报错的。但是，熟知小杜的老铁都知道，没有出错的时候，小杜本身就是一个最大的bug，在10月30日的时候，小杜升级了自己的R版本，升级到最新版（PS：当时也是错误不断，详情可看：R语言无法调用stats.dll的问题解决方案）。

那么这次的报错也是与前面的事件是关联起来的，那么是这次的报错自己也是纠结的很久，但是，我们有“度娘”我们怕什么呢？？但，花费了一定的时间哦！！

总结，我们平时不要手痒，总是来捣鼓这些事情，这会让你很“痛苦”，bug始终是自己！！[泪目]

二、KEGG富集报错

在GO分析中是正常运行的，但是在KEGG中就有如下的报错，大家请看：

Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway"...
Warning messages:
1: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
  the 'wininet' method is deprecated for http:// and https:// URLs
2: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
  the 'wininet' method is deprecated for http:// and https:// URLs

这是什么原因呢！！！
主要的信息就是In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...)是什么意思呢？？我的也不知道哈。
那就百度一哈呀。
哼！！
说干就干.....

还是有很多的解决方法的呀！！
点开第一条，
咦！！
有答案！！

这个博主讲的还是比较详细噶！！

我们往下看一下............

给出两种方法：

方法一：曾建明老师给出的方案

library(R.utils)

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')

方法二：来自Y叔叔本叔的

options(clusterProfiler.download.method = "wininet")

都是可以解决这个问题的，以及这个博主也提到，就是降低R的版本!!!

这个就不想折腾了！！

以上两种方法都是可以解决，只是每次运行前，都是需要把以上的码运行即可

三、总结

我们大家平时不要总是来琢磨这些，真的是版本间的兼容性有待提高。对于我们来说，只要可以正常运行即可。

不要学习小杜这样，一天天的啥事都捣鼓

最后，再附上KEGG的运行代码吧！！

## 加载包
library(stringr)
library(ggplot2)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
## 最新版本需要加上这个命令
library(R.utils)
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")
##
ekegg <- enrichKEGG(
  gene = gene$ENTREZID,
  keyType = "kegg",
  organism  = 'hsa',
  pvalueCutoff  = 0.05,
  pAdjustMethod  = "BH")

## 绘制富集图
barplot(ekegg, showCategory = 30)
dotplot(ekegg, showCategory = 30)

小杜的生信筆記**，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!**

微信扫一扫分享文章