R语言包EGAD用来评估基因共表达网络的表现

小明的数据分析笔记本

看到了一篇利用公共转录组数据构建基因共表达网络的论文，研究的物种是桃子

Exploring large-scale gene coexpression networks in peach (Prunus persica L.): a new tool for predicting gene function

https://academic.oup.com/hr/article/11/2/uhad294/7505277?login=false

这篇论文里提到了一篇参考论文

Aggregated gene co-expression networks for predicting transcription factor regulatory landscapes in a non-model plant species

这篇论文里研究的是葡萄的基因共表达网络，用到的也是公共的转录组数据，这篇论文里提供了构建共表达网络的代码

https://github.com/Tomsbiolab/agg_WGCN

用的并不是WGCNA，具体的方法我还没有看明白，有一部分是评估共表达网络的表现，在论文的方法部分写到

Network functional connectivity (i.e., performance) across all genes was assessed by neighbor-voting, a machine learning algorithm based on the guilt-by-association principle, which states that genes sharing common functions are often coordinately regulated across multiple experiments (Verleyen et al., 2015). The evaluation was performed using the EGAD R package

提到的R包的githu主页

https://github.com/sarbal/EGAD

这个R包对应的论文

EGAD: ultra-fast functional analysis of gene networks

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/4/612/2664343?login=false

对应的github主页上有对应的示例代码，用到的是人类的数据，如何将自己的数据准备成能用于分析的格式，暂时没有想明白

欢迎大家关注我的公众号

小明的数据分析笔记本

小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

微信扫一扫分享文章