跟着Nature Metabolism学作图 | 柱状堆积图

小杜的生信笔记

「一边学习，一边总结，一边分享！」

本期教程

柱状堆积图

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「小杜的生信笔记」，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是「R语言绘图教程」、「转录组上游分析」、**「转录组下游分析」**等内容。凡事在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。

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往期教程部分内容

导入所需的R包

library(ggplot2)
library(readxl)
library(reshape2)
library(ggraph)

导入数据及转换

data <- read_excel("20240508_Inputdata.xlsx",sheet = "Sheet1")
data[1:4,1:5]

data <- melt(data)
#固定`variable`的因子
data$variable <- factor(data$variable,
                        levels = c("Normal", "Adjacent", "Tumor_1", "Tumor_2"))

绘图

ggplot(data, aes(x = Tissue, y = value, fill = variable))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  ##'@颜色设置
  scale_fill_manual(values = c("#bebada", "#80b1d3", "#8dd3c7", "#e5d8bd"))+
  theme_bw(base_size = 14)+
  theme(
        legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1, color = "black", size = 10), # nolint
        axis.text.y = element_text(color = "black", size = 10),
        axis.title = element_text(color = "black", size = 12)
    )

ggplot(data, aes(x = Tissue, y = value, fill = variable))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  ##'@颜色设置
  #scale_fill_manual(values = c("#bebada", "#80b1d3", "#8dd3c7", "#e5d8bd"))+
  scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = F)+
  theme_bw(base_size = 14)+
  theme(
        legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1, color = "black", size = 10), # nolint
        axis.text.y = element_text(color = "black", size = 10),
        axis.title = element_text(color = "black", size = 12)
    )

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往期部分文章

「1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）」

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一
• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二
• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三
• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码四
• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码五(最新版本)

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「2. 精美图形绘制教程」

• 精美图形绘制教程

「3. 转录组分析教程」

• 「转录组上游分析教程[零基础]」
• 「一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie」

「4. 转录组下游分析」

• 批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析
• GO和KEGG富集分析
• 单基因GSEA富集分析
• 全基因集GSEA富集分析

「小杜的生信筆記」 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

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