微生物组数据分析利器——Phyloseq学习笔记（一）
# 数据导入```
# 加载包
library(phyloseq)
library(Biostrings)
library(tidyverse)
```
.将特征表、分组文件、注释信息导入R中，其中特征表和注释信息需要转换为matrix格式：
```
asvtab <- read.delim("./asvtab.txt", row.names=1) %>%
as.matrix()
metadata <- read.delim("./metadata.txt", row.names=1)
taxonomy <- read.delim("./taxonomy.txt", row.names=1) %>%
as.matrix()
```
使用biostrings包导入fasta格式的代表性序列文件：
```
dna_sequences <- readDNAStringSet("ASV.fa")
```
使用ape包导入树文件，树文件可以是.tree文件或.nexus文件。
制作phyloseq文件：
```
OTU = otu_table(asvtab, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxonomy)
MET = sample_data(metadata)
SEQ = refseq(dna_sequences)
physeq = phyloseq(OTU, TAX, MET, SEQ)
```
保存phyloseq文件：
```
saveRDS(physeq, file = "./physeq_data.rds")
```
下次再使用这套数据使用readRDS读取即可：
```
physeq2 <- readRDS(file = "./physeq_data.rds")
```
1111111 admin 发表于 2024-5-18 13:54
1111111
请问，能不能看一下示例数据，"ASV.fa"这个文件是咋来的
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