使用lastz软件对两条序列进行比对并分析snp和indel
## 代码来源于论文> A complex phenotype in salmon controlled by a simple change in migratory timing
lastz和multiz可以通过conda进行安装
我用拟南芥的基因组做测试
运行脚本
```
bash ~/my_data/raw_data/practice/science.salmon/lastz_seed_and_chain.sh abc an1chr1 c24chr1 an1.chr1.fa c24.chr1.fa
```
第一个位置参数是输出文件夹
第二个位置参数是需要比对的基因组序列id (target)
第三个位置参数是需要比对的基因组序列id(query)
第四个位置参数是需要比对的基因组（target）
第五个位置参数是需要比对的基因组（query）
(2 3 位置参数序列id不能是一样的，如果两个序列id一样就会报错，我在这里搞了好长时间)
输出的内容
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/a3bab0aec3eea336bcaa44b54b208f49_1721305042_7325.jpg)
001.column是参考的结果
002.column是查询的结果
## 接下来是R语言的代码
```
source("extract_variants_between_two_seqs.R")
library(tidyverse)
tq_seqs<-tibble(ts=toupper(read_lines("abc/tmp_step=20_notransition_inner=1000_identity=97.001.column")),qs=toupper(read_lines("abc/tmp_step=20_notransition_inner=1
000_identity=97.002.column")))
chrom28_narum_variants <- extract_variants_between_two_seqs(tq_seqs)
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/b40a70544fc8afdb932396d853437506_1721305042_1080.jpg)
extract_variants_between_two_seqs.R 这个脚本的内容可以在 [https://eriqande.github.io/thompson-et-al-2020-chinook-salmon-migration-timing/003-extract-johnson-creek-variants.html](https://eriqande.github.io/thompson-et-al-2020-chinook-salmon-migration-timing/003-extract-johnson-creek-variants.html) 链接处查看
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