基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分 | 二
**「一边学习，一边总结，一边分享！」**
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# **原文链接：[基因 TBtools 做基因家族分析 | 生信部分](https://mp.weixin.qq.com/s/brDV1v4Y5cUWylbB7Wvb1w)** |
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# [基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分 | 一](https://www.resbang.com/thread-243-1-1.html)
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## 2.7 使用Figtree绘制进化树
**在**2.6**和**2.7**小节中，我们讲述了使用ggtree和MEAG绘制进化树，这些软件都是比较常用的。在这次作图过程中，自己的无意间也查询到使用**Figtree**可视化工具绘制进化树。主要是看到这张图，平时自己看到的图都是矩阵类型或是圆形，类似这个半圆看着是比较好看。**Figtree网址：[http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/](http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)软件下载可以到GitHub中下载：[https://github.com/rambaut/figtree/releases](https://github.com/rambaut/figtree/releases)下载后无需安装，即可使用(根据自己的版本调整)。将**FigTree v1.4.4**快捷键发送到桌面即可
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**对于Figtree软件的使用，全网依旧是很一定数量的教程，大家可以自行进行查找，或观看帮助文档。**
### 2.7.1 Figtree绘制进化树基础图形
**打开Figtree界面是比较简单，这个软件的获得的图形的类型也是相对比较少，只适合小众类型的进化树绘制。对于很复杂类型进化树还是不推荐使用Figtree绘制。**
1. **点击**File**-**Open**,导入数据**
2. **获得进化树**
3. **调整。全部参数可以在左侧调整即可。包括，大小、间距、距离参数等。**以上参数，仅仅只是必要调整的参数，具体看自己的分析进行调整即可，无固定模式。
### 2.7.2 Figtree绘图的模式
**我在前面说过Figtree绘制进化树的图类型很少，只有**三种大类型**。具体如下所示。**
1. **一般的聚类类型**
2. **圆形**circular
3.
### 2.7.3 Figtree绘制进化树美化图形
**如何进行美化，是我们一直在追求的方向。在进化树中分支的上色是必须的，在Figtree中依旧可以做。****注意：我们这里只是简单的说明如何上色，具体操作自己进行。**最终图形可以获得如下图所示。
### 2.7.4 Figtree导出图形
**调整好图形参数，如何导出图形呢？操作如下所示。**File**-**Export JPEG/PNG/PDF.....**，导出适合的的图形格式即可，但是建议导出的矢量图。后期AI进行调整。（通过上面导出图形，我们可以看到图形的颜色长度是不同的，这个问题要如何解决，暂时没有找到好的方法。在ggtree绘制中自己也遇到这里的问题。如果在的图形软件中无法解决，只能通过后期解决。）**
### 2.7.4 重新文章中图形
**那么如何绘制类似的图形呢？根据前期的参数，只需要进一步优化即可。 2. 主图**（1） 将图形性状选择圆形（2） 调整**Root Angle**和**Angle Rangle**调整到适合的形状。2. 分类附图在这个图中，我个人将其进化树分为进化树分类附图。这个图也是使用的Figtree进行绘制。具体操作如下所示。
* **选择分类图形**
* **调整参数**
* **树枝的宽度可以宽1-2个size**
* **调整自己喜欢的**Trabsform Branches
* **继续调整**
**--** **注意：** **进化树的分支，主图和附图要一致。为了进一步确定明确两个图的一致性，建议直接在附图中，对分支进行填充颜色。操作与上述一致。**
### 2.7.5 AI合并美化
1. **打开AI**
2. **新建图形**
3. **导入进化树图形**
4. **Ctrl + R**打开AI中的标尺、拖出x轴或Y轴参考线
5. **调整半圆进化树，做到“横平竖直”**
6. **Ctrl + A**全选，选择图形，**Ctrl + C**进行复制，或直接进行拖拽到新建图形中。
7. **调整适合的图形大小，调整时，一直按住**shuft**，避免图形横纵大小改变。**
8. **建议，在图形中如有新的图形产出，建议每个新的图形都新建立一个图层，利于后期的修改。**
9. **随后就进行进化的调整，我们在这里，需要对AI有一定的基础知识，才可以。比如，如何随意修改图形的形状，类似图例所示。这里操作很繁琐，具体操作自己进行。**
10. **导入进化树分支**
11. **如何线条太细，可以进行调整适合粗细。**
12. **分支添加颜色**
* **新建图形**
* **选择椭圆工具**
* **绘制椭圆，调整适合的分支位置和的添加分支颜色**
* **适当的调整颜色**
* **依次绘绘制即可**
* **字体调整（如果在图形中梯子较小，也可以在AI中调整）**使用选择工具，选择调整字体，直接进行修改即可。
* **调整图形大小**
* **最终出图**
* **也可以直接间监矩形进化树进行进行合并，相比育德圆形或半圆，调整颜色柱就很容易，直接拉成一样长度即可。**--** ****细节自己调整。**
## 2.8 目的基因结构可视化
**需要文件:**
1. **目的基因注释文件（GFF or GTF）**
2. **进化树文件（可选）**
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### 2.8.1 使用ID和基因组注释文件绘制
1. **使用TBtools直接操作，依次点击：**Gene Structure View结果如图所示：
### 2.8.2 提取目的基因的注释文件（推荐）
**我们会发现，输入**ID**处也是可以输入进化树文件信息。因此，我们推荐直接提取获得目的基因的注释文件信息，单独使用GTF文件信息或是GFF信息进行绘制。**
1. **获得GFF注释信息 使用已有的目的基因的ID与基因组注释文件进行匹配获得。**
```plain
cat Araport11_GTF_genes_transposons.current.gtf | grep -wf TAR11.test.id > TAR11.test.gtf
```
```plain
$ cat Araport11_GTF_genes_transposons.current.gtf | grep -wf TAR11.test.id | head
Chr1 Araport11 mRNA 18935301 18937665 . + . transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935380 18935673 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935743 18935796 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18935908 18935982 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936083 18936205 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936278 18936469 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936552 18936635 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936723 18936815 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18936903 18936956 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
Chr1 Araport11 CDS 18937039 18937118 . + 0 transcript_id "AT1G51110.1"; gene_id "AT1G51110";
```
1. **进化树获得 同上的方法获得**
2. **MEMExml or MAST.xml文件 同上**
3. **绘图 依次提交相关的文件即可**
## 2.9 进化树、Motifs、结构域、基因结构合图绘制
**以上的操作，都可以获得单张图形，那么如何多图绘制在一起呢？TBtools也提供了相关的教程,**(https://mp.weixin.qq.com/s/7FvQ1iyLehQc7XXqFhP_vQ)，我们可以根据此教程进操作。具体如下：获得结果（来自CJ教程）：
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## 2.10 图形美化
**到这里，我们的整张图形就可以获得。但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。我前面说过，我的这个教程重点是图形美化。自己是更喜欢，TBtools单张出图的类型，然后进行AI或PS美化的。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。**
### 2.10.1 TBtools图形颜色的调整
**我们这里只是随意进行调整，图形无任何意义。**
1. **步骤一、点击图形中的方块、右键**
2. **调整色块**3、选择先要的色块、点击**Selecteed**4、更改成功 但是你会大发现，图中所有一样的颜色色块都会改变。
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**类似的功能、自己逐渐去摸索。**
#### 2.10.2 单张出图
**如果上面的方式没有很好实现自己想要的效果。那么，我们就只能单张出图、后面再进行合并。**
**注意：在绘图时，我们的要提前想好自己的文章或这张图的颜色设置，以及图形的色调是属于什么类型的。理论上，一整篇文章图形色调和类型要保持一致。**
**如果，在后期的调整中。图形颜色需要重新调整，我们可使用AI进行调整或是重新绘制，少量还是比较方便，但是图形又大有多，重画是很奔溃的事情。**
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**若我们的教程对你有所帮助，请**点赞+收藏+转发，这是对我们最大的支持。
### 往期部分文章
**「1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）」**
* (https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-61f2ZfpMiWN-iQg)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/Ln9TP74nzWhtvt7obaMp1A)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/rU76rLG4AayuiHbDhgOGBg)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/Ot2h3LH82vfg4m7YLG8e0w)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/ca8_eqirjJYgC8hiaF8jfg)
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**「2. 精美图形绘制教程」**
* [精美图形绘制教程](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&action=getalbum&album_id=2614156000866385923&scene=173&from_msgid=2455848496&from_itemidx=1&count=3&nolastread=1#wechat_redirect)
**「3. 转录组分析教程」**
* **「**[转录组上游分析教程[零基础]](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&action=getalbum&album_id=2870608342451224581&scene=126&uin=&key=&devicetype=Windows+10+x64&version=63090719&lang=zh_CN&ascene=0)**」**
* **「**[一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie](https://mp.weixin.qq.com/s/A4cFpkrKGqPeESVQl69jcA)**」**
**「4. 转录组下游分析」**
* [批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析](https://mp.weixin.qq.com/s/aIiR5v1olhv7bMkrZjfddQ)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/NeHjQk9DEWtx5hGOJhWuZw)
* [单基因GSEA富集分析](https://mp.weixin.qq.com/s/g8ZWgSIIw_6fZimFLmRMng)
* [全基因集GSEA富集分析](https://mp.weixin.qq.com/s/BbkdplN6tHT_tHGEKPABhQ)
**「小杜的生信筆記」** ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
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