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ATAC-seq分析：比对（3）

本文介绍了ATAC-seq分析过程中常用的操作，包括质控、Greenleaf数据集处理、参考基因组创建和比对等内容。通过本文的指导，您可以了解如何从FASTQ文件到BAM文件的转换，同时也可以掌握哪些QC检查方法可以帮助您提高测序数据的质量。本文中还介绍了Bioconductor BSGenome库的应用以及hg19基因组的构建方法，为您更好地进行AT ...
ATAC-seq 比对 质控 Greenleaf 参考基因组
赞 · 阅读 428 ·数据科学工厂 · 2024-06-29 表观组

ATAC-seq分析：数据介绍（2）

了解ATAC-seq技术原理及优势，从不同来源获取数据集进行分析，使用Bioconductor提供的参考数据进行数据处理和分析。详细教程和链接提供了处理后的BAM文件和相关文件下载，帮助您进行进一步的研究分析。
ATAC-seq分析 数据处理 生物信息学
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ATAC-seq分析：教程简介（1）

Learn how to analyze ATAC-seq data using Bioconductor and perform various steps such as QC, peak calling, genome/motif enrichment, and accessibility analysis. This tutorial covers topics such as data preprocessing, alignment, bigWig visualization, and mot
ATAC-seq Bioconductor peak calling genome enrichment motif enrichment
赞 · 阅读 343 ·数据科学工厂 · 2024-06-29 表观组

机器学习经典算法：决策树（2）

学习机器学习中的经典算法决策树，包括特征选择、使用香农熵和信息增益等指标进行构建，以及递归构建决策树的ID3算法。探索决策树的存储和实战应用，包括数据导入、划分、生成树和分类等步骤。
决策树 特征选择 香农熵 信息增益 ID3算法
赞 · 阅读 217 ·数据科学工厂 · 2024-06-29 机器学习

如何写好科研论文：Introduction（2）

了解如何写好一篇科研论文的Introduction，包括引言的标准和结构，以及对外行和详尽描述的建议。通过本文，您将学会如何为读者提供所需的信息，使他们对您的研究产生兴趣，并理解其意义。
写好科研论文 科研论文写作
赞 · 阅读 301 ·数据科学工厂 · 2024-06-29 投稿建议

大型语言模型如何工作？

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赞 · 阅读 230 ·数据科学工厂 · 2024-06-29 机器学习

使用ggplot绘制柱状图，在柱子中显示数值和显著性

通过使用ggplot绘制柱状图并在柱子中显示数字和显著性，了解如何计算发芽数和天数得出发芽指数。本教程还包括往期教程内容和代码示例，帮助您学习基于ggplot的柱状图绘制技巧。记得设置「小杜的生信笔记」为星标，获取最新推文教程信息。 ...
ggplot柱状图 显著性 发芽数 天数 发芽指数
赞 · 阅读 337 ·小杜的生信笔记 · 2024-06-28 数据可视化

Linux|如何查找和删除重复文件

在Linux操作系统中利用rdfind、fdupes、rmlint等命令行工具，以及Dupeguru和FSlint这两款图形界面工具来识别和清除重复的文件。注意，在删除文件时格外小心，避免误删重要文件。
查找重复文件 删除重复文件 Linux工具
赞 · 阅读 310 ·数据科学工厂 · 2024-06-28 Linux

RNA-seq 详细教程：似然比检验（13）

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赞 · 阅读 257 ·数据科学工厂 · 2024-06-28 转录组

RNA-seq 详细教程：时间点分析（14）

Explore detailed tutorial on RNA-seq time point analysis using DESeq2. Learn about using Likelihood Ratio Test (LRT) for time course analysis, capturing dynamic nature of biological processes. Understand how LRT can help in exploring significant differenc
RNA-seq DESeq2 LRT Time course analysis gene expression
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