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ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

了解如何进行ATAC-seq分析中的Peak Calling，并调用无核小体区域。包括使用MAC2软件进行峰值调用，针对单端和双端数据的不同参数设置，以及进行质量控制（QC）检查。学习如何评估峰值读取、重复率等关键指标，以提高数据质量和准确性。 ...
ATAC-seq分析 Peak Calling 无核小体区域 MAC2 单端数据
赞 · 阅读 388 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 表观组

ATAC-seq分析：TSS 信号（7）

本文讨论了ATAC-seq分析中的TSS信号及其相关方法。ATACseq是一种使用转座酶提取转录因子结合位点和核小体游离信号的技术。文章介绍了数据类型、TSS信号的评估方法以及可视化工具soGGi bioconductor包的使用。如果您正在进行ATAC-seq分析，这篇文章将为您提供有用的信息和指导。 ...
ATAC-seq分析 TSS信号 ATACseq 数据类型 评估TSS信号
赞 · 阅读 523 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 表观组

ATAC-seq分析：数据质控（6）

- 本页介绍了ATAC-seq数据分析中的数据质控步骤，特别关注ATACseqQC库的操作。文章详细解释了如何使用PCR瓶颈系数（PBC1和PBC2）提升数据分析效果，并提供了在R语言中安装和运行ATACseqQC的示例代码。全文针对ATAC-seq分析中的BAM文件路径处理提供指导，助力研究者提高分析质量和效率。 ...
ATAC-seq 数据质控
赞 · 阅读 311 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 表观组

ATAC-seq分析：数据处理（5）

提供ATAC-seq数据分析过程中的关键步骤，包括核小体游离和占据状态的读数子集划分。详细介绍使用插入大小进行过滤的方法，以及如何创建代表无核小体、单核小体和双核小体的BAM文件，适用于从事生物信息学和基因组研究的用户。 ...
ATAC-seq分析
赞 · 阅读 317 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 表观组

ATAC-seq分析：比对后处理（4）

本文介绍了如何使用GenomicAlignments包进行ATAC-seq数据的比对后处理，包括ScanBamParam和readGAlignmentPairs函数的使用，以及如何控制只读取正确配对的读数，从而提高数据处理的准确性和效率。
ATAC-seq 比对后处理 GenomicAlignments ScanBamParam readGAlignmentPairs
赞 · 阅读 409 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 表观组

Python 爬虫数据抓取（10）：LXML

本文介绍了使用Python爬虫进行数据抓取的实战操作，着重介绍了LXML库的使用方法。通过LXML库，可以轻松地处理XML文件和HTML数据，并通过Xpath查询语言定位目标元素，是进行网页数据抓取的优选工具。
Python 爬虫 数据抓取 LXML XML文件 网页数据抓取
赞 · 阅读 277 ·数据科学工厂 · 2024-07-01 Python

测试问答模块

测试一下求助问答模块的使用体验，了解其功能和优化方式。
测试问答模块 求助问答 优化
赞 · 阅读 282 ·崔耳又又 · 2024-06-30 建议

空间单细胞｜基于图像的数据分析（3）

本文介绍了Seurat的一个新扩展功能，用以分析新型的空间解析数据，重点介绍了Vizgen MERSCOPE、Nanostring CosMx空间分子成像仪和Akoya CODEX三个公开数据集。其中详细介绍了Nanostring CosMx空间分子成像仪生成的数据集，包括其技术特点、数据样本来源及分析方法。同时结合Azimuth健康人类肺脏参考数据库进行对比分析，并 ...
空间单细胞
赞 · 阅读 337 ·数据科学工厂 · 2024-06-30 单细胞测序

多因素因素独立预后分析 | 随机森林图绘制

本教程介绍了多因素独立预后分析和随机森林图绘制的方法，以及相关的Cox分析和数据处理代码。欢迎查看教程获取更多相关内容。
Cox分析
赞 · 阅读 397 ·小杜的生信笔记 · 2024-06-30 数据可视化

单因素独立预后分析，随机森林图绘制教程

本篇教程介绍了如何进行单因素独立预后分析并绘制随机森林图的方法，内容涉及R包的加载和数据导入。教程还包括了往期教程部分内容，并在前言中讨论了在医学研究中的应用场景。想要了解更多相关内容，请查看详细分析代码。 ...
教程 R包 数据导入
x 1· 赞 · 阅读 742 ·小杜的生信笔记 · 2024-06-30 数据可视化
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