Python处理生信分析流程配置文件4种方法
在编写生信分析流程时，通常会通过配置文件来定义一些固定的参数，比如软件路径、参考基因组fasta文件路径、基线路径和阈值参数等。## 1. ini配置文件
文件名称： cconfig.ini
INI（Initialization）文件是一种简单的配置文件格式，通常由节（section）、键（key）和值（value）组成，是较为常用的配置文件方法。
### 格式示例
hg19 = /path/hg19.fa
hg38 = /path/hg38.fa
### ini文件操作
```python
import configparser
config = configparser.ConfigParser()
BIN = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) + '/'
# 读取当前目录下config.ini配置文件
config.read(BIN + 'config.ini')
# 列出所有section
sections = config.sections()
# 列出section对应的所有option
options = config.options(section)
# section对应option的值
value = config.get(section, option)
# 获取hg19参考基因组fasta文件路径
reference_path = config['reference']['hg19']
```
## 2. json配置文件
文件名称：config.json
JSON（JavaScript Object Notation）是一种轻量级的数据交换格式，易于阅读和编写，易于机器解析和生成。json文件格式要求较严格，可作为分析流程中的中间文件存储信息。
### 格式示例
{
"reference": {
"hg19": "/path/hg19.fa",
"hg38": "/path/hg38.fa",
}
}
### json文件操作
```python
import json
# 读取json文件
with open('config.json') as f_r:
config = json.load(f_r)
# 输出至新的json文件
with open('config_output.josn', 'w') as f_w:
json.dump(config, f_w, indent=2)
```
## 3. yaml配置文件
文件名称：config.yaml
YAML（YAML Ain’t Markup Language）是一种易于人类读写的配置文件格式，适用于配置文件和数据序列化。
### 格式示例
```yaml
reference:
hg19 : /path/hg19.fa
hg38 : /path/hg38.fa
```
### yaml文件操作
```python
import yaml
# 读取yaml文件
with open('config.yaml') as f:
# 返回为字典类型或列表类型
config = yaml.load(f)
```
## 4. python script
配置文件： config.py
在编写python程序时，导入关键的参数，比如深度学习时的超参数配置。
### .py文件操作
```python
import os
import sys
import config
# 导入config.py使用python语法编写
# 获取当前目录下config.py配置信息
option = config.option
# 另一个python脚本导入config.py参数，直接作为变量引用
from config import reference_hg19, samtools_path
# from config import **
```
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