植物中转录本激活区域(ADs)的鉴定 | Nature
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### 往期教程部分内容
## 摘要
Arabidopsis的基因表达受到超过1,900个转录因子(TF)的调控，这些转录因子已经通过保守的 DNA 结合结构域在全基因组范围内被鉴定出来。激活因子转录因子包含激活结构域(activation domains，ADs)，可以募集辅激活因子复合物; 然而，对于几乎所有的拟南芥转录因子，我们缺乏ADs1的存在、位置和转录强度的知识。为了解决这个差距，我们在这里使用酵母文库的方法来实验鉴定拟南芥广告在整个蛋白质组的规模，并发现超过一半的拟南芥转录因子包含一个ADs。我们注释了1553个ADs，据我们所知，其中绝大多数是以前不知道的。利用生成的数据集，我们开发了一个神经网络，以准确预测广告，并确定序列特征，这是必要的招募共激活因子复合物。我们揭示了导致激活活动的六种不同的序列特征组合，提供了一个询问ADs亚功能化的框架。此外，我们确定ADs在古老的生长素反应因子家族的转录因子，揭示ADs定位是保守的，在不同的进化枝。我们的研究结果为理解转录激活提供了深入的资源，为检查内在紊乱区域的功能和ADs的预测模型提供了框架。
### TADA network and sequence features
为了更全面地了解与转录活性相关的基本序列特征，我们验证并改进了所提出ADs活性模型。还认为，在不偏重现有模型的情况下，通过研究有助于强激活的特征，我们有可能发现新的转录激活。
### PADI and TADA validation
### AD evolution in the ARF family
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作者提供了ADs的预测工具 `TADA`，以及代码，若感兴趣可以自行查看。
```
conda create -n tada python=3.10.6
conda activate tada
pip install tensorflow==2.10.0
pip install scikit-learn==1.2.2
pip install pandas==2.0.0
pip install localcider
pip install protfasta
pip install alphaPredict
conda install --channel conda-forge opentsne
pip install shap
pip install seaborn
pip install biopython
```
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**原文：**
Identification of plant transcriptional activation domains，
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07707-3#data-availability
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### 往期部分文章
**1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）**
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**2. 精美图形绘制教程**
* [精美图形绘制教程](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&action=getalbum&album_id=2614156000866385923&scene=173&from_msgid=2455848496&from_itemidx=1&count=3&nolastread=1#wechat_redirect)
**3. 转录组分析教程**
* **[转录组上游分析教程[零基础]](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&action=getalbum&album_id=2870608342451224581&scene=126&uin=&key=&devicetype=Windows+10+x64&version=63090719&lang=zh_CN&ascene=0)**
* **[一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie](https://mp.weixin.qq.com/s/A4cFpkrKGqPeESVQl69jcA)**
**4. 转录组下游分析**
* [批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析](https://mp.weixin.qq.com/s/aIiR5v1olhv7bMkrZjfddQ)
* (https://mp.weixin.qq.com/s/NeHjQk9DEWtx5hGOJhWuZw)
* [单基因GSEA富集分析](https://mp.weixin.qq.com/s/g8ZWgSIIw_6fZimFLmRMng)
* [全基因集GSEA富集分析](https://mp.weixin.qq.com/s/BbkdplN6tHT_tHGEKPABhQ)
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