ChIPseq基因注释
## 1. 基因注释到目前为止，我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义，转录因子可以影响其靶基因的表达。
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定，因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰：
如果峰与基因重叠，则通常将峰注释为基因。
## 2. Peak 注释
ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的来源中使用预定义的注释，ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。
首先加载下一部分所需的库。
```R
library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)
```
annotatePeak 函数接受要注释的区域的 GRanges 对象、基因位置的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。
```R
peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
annoDb = "org.Mm.eg.db")
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/3a03c632536515106af91700dea647d0_1720446362_6642.png)
```R
class(peakAnno)
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/bef9ab236c637d755d8bc4647d673fc2_1720446362_5715.png)
结果是一个包含峰注释和整体注释统计信息的 csAnno 对象。
```R
peakAnno
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/20b713a3d1de7a4a41d71b3f676b13c7_1720446362_3851.png)
csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它，ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。
```R
peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/4c89e603c11055677c6ca9ee71135201_1720446362_1062.png)
## 3. 可视化 Peak 注释
现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰，我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里，我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图，但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。
```R
plotAnnoBar(peakAnno)
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/739ec7b64a281eac0a3e6ed55d430c97_1720446362_1779.png)
ChIP-seq 分析：Peak 注释与可视化（9）
同样，我们可以绘制 TSS 站点周围峰值的分布。
```R
plotDistToTSS(peakAnno)
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/74b293d774e1e3ad211e65b51f7bea40_1720446362_1108.png)
ChIPseeker 还可以提供一个简洁的图来描述注释之间的重叠。
```R
upsetplot(peakAnno, vennpie = F)
```
!(data/attachment/forum/plugin_zhanmishu_markdown/202407/6a2ba35cc0c29bf50ce42198f3e1a0a7_1720446362_2217.png)
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