论坛 › 单细胞测序 › 单细胞分析：环境搭建（三）

数据科学工厂 发表于 2024-6-18 10:27:09

单细胞分析：环境搭建（三）

导读

本文将介绍并实战搭建分析单细胞的环境。

## 1. `R`

- `R`语言安装（`Ubuntu`）

在命令行运行下面的命令，如果是 `root`帐号，请去除 `sudo`，其他系统参考 > (https://cran.r-project.org/index.html "R")

```sh
# update indices
sudo apt update -qq

# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

# 安装
sudo apt install --no-install-recommends r-base
```

## 2. `RStudio`

- `RStudio`安装

1. 下载安装包 > (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download "Rstudio")
2. 安装

```sh
# 根据自己下载的版本，修改文件名
sudo apt install ./rstudio-*-amd64.deb
```

3. 打开 `RStudio`


4. 更换下载镜像

参考 > (https://blog.csdn.net/zdx1996/article/details/86630385 "RStudio换源")

## 3. `Rpackages`

- `R`包安装

1. 按照 `BiocManager`

```sh
# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令
install.packages("BiocManager")
```

2. 修改 `Bioconductor`源

```R
# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令
chooseBioCmirror()

# 选择 China
```

!(https://swindler-typora.oss-cn-chengdu.aliyuncs.com/typora_imgs/image-20221005214909354.png)

3. 从 `Bioconductor`中安装以下 包

>> 注意1：当 （**”R may ask you if you want to update any old packages by asking Update all/some/none? ”**）请输入 `a`， 并回车。
>>

>> 注意2：当（**“Do you want to install from sources the package which needs compilation? y/n”**）请输入 `n`， 并回车。
>>

```R
# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令
# 建议复制，因为大小写敏感
BiocManager::install("SingleCellExperiment")
BiocManager::install("AnnotationHub")
BiocManager::install("ensembldb")
BiocManager::install("multtest")
BiocManager::install("glmGamPoi")
```

4. 从 `CRAN`中安装以下 包

```R
# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令
# 建议复制，因为大小写敏感
install.packages("tidyverse")
install.packages("Matrix")
install.packages("RCurl")
install.packages("scales")
install.packages("cowplot")
install.packages("Seurat")
install.packages("metap")
```

5. 加载 包

```R
# 加载前，请确保上面包安装过程是成功的
library(Seurat)
library(tidyverse)
library(Matrix)
library(RCurl)
library(scales)
library(cowplot)
library(SingleCellExperiment)
library(AnnotationHub)
library(ensembldb)
```

6. 加载完毕后，运行 `sessionInfo()`

```R
sessionInfo()
```

查看完整版本: 单细胞分析：环境搭建（三）